หลังการหายสาบสูญพระเจ้าไชยเชษฐาธิราช ในกรุงเวียงจันทน์ก็เกิดสงครามกลางเมืองจากการแก่งแย่งตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดินแทนพระหน่อแก้วกุมารระหว่างเสนาบดีผู้ใหญ่ 2 คน คือ พระยาแสนสุรินทร์ลือชัย อัครมหาเสนาบดีฝ่ายซ้ายผู้มีสถานะเป็นพระอัยกาของพระราชกุมาร กับพระยาจันทสีหราช อัครมหาเสนาบดีฝ่ายขวา ที่สุดแล้วพระยาแสนสุรินทร์ลือชัยเป็นฝ่ายชนะ จึงสถาปนาตนเองเป็นพระสุมังคละอัยโกโพธิสัตว์ราชา เป็นผู้ว่าราชการแผ่นดินแทนพระหน่อแก้วกุมารผู้ทรงพระเยาว์ คนทั่วไปเรียกว่า “พระเจ้าปู่หลาน”

พ.ศ. 2118 ฝ่ายพม่าได้ยกทัพมาตีเมืองเวียงจันทน์ได้ จึงคุมตัวพระยาแสนสุรินทร์ลือชัยกลับหงสาวดี แล้วแต่งตั้งให้เจ้ามหาอุปราชศรีวรวงษา พระอนุชาของสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชซึ่งถูกคุมตัวไปหงสาวดีตั้งแต่ครั้งที่พม่าตีเมืองเวียงจันทน์ครั้งแรก ขึ้นปกครองเมือง พระนามว่า พระเจ้าศรีวรวงษาธิราช

พ.ศ. 2123 ได้เกิดกบฏขึ้นที่เมืองเวียงจันทน์ พระเจ้าศรีวรวงษาธิราชสู้ไม่ได้จึงเสด็จหนีแต่ได้สิ้นพระชนม์ระหว่างการเดินทาง เมื่อพม่าได้ยกทัพมาปราบกบฏได้ จึงแต่งตั้งให้พระยาแสนสุรินทร์ลือชัยขึ้นปกครองเมืองอีกครั้ง กระทั่งถึงแก่พิราลัยในปี พ.ศ. 2125 จากนั้น พระยานครน้อย บุตรของพระยาแสนสุรินทร์ลือชัยได้ขึ้นปกครองเมืองสืบต่อจากบิดา แต่ไม่ได้รับความนิยมจากชาวเมืองจึงถูกขุนนางร่วมกันปลดออกจากราชสมบัติ นับแต่นั้นเมืองเวียงจันทน์ก็อยู่ในสภาพไร้ผู้ปกครองถึงแปดปี ขุนนางทั้งหลายจึงได้แต่งตั้งให้คณะสงฆ์เดินทางไปเข้าเฝ้าพระเจ้าบุเรงนองเพื่อทูลขอตัวพระหน่อแก้วกุมารมาครองเมือง พระหน่อแก้วจึงได้ขึ้นครองเมืองเวียงจันทน์อีกครั้งในปีพ.ศ. 2134

พ.ศ. 2139 พระหน่อแก้วกุมารสวรรคต ทำให้พระวรวงศาธรรมิกราชซึ่งเป็นลูกพี่ลูกน้องของพระหน่อแก้วกุมาร ได้รับการอัญเชิญให้ปกครองเมืองเวียงจันทน์

พ.ศ. 2164 พระวรวงศาธรรมิกราชเกิดข้อขัดแย้งกับพระอุปยุวราช พระราชโอรส จนถึงขั้นเข้าต่อสู้กัน พระวรวงศาธรรมิกราชเสด็จสวรรคตในการต่อสู้ พระอุปยุวราชจึงเสด็จขึ้นครองราชย์ แต่ทรงครองราชย์ได้เพียงปีกว่าก็เสด็จสวรรคต ประชาชนก็ได้ร่วมกันอัญเชิญพระยามหานามอันเป็นขุนนางผู้ใหญ่ดำรงตำแหน่งพระยานครขึ้นเป็นกษัตริย์ มีพระนามว่าพระยาบัณฑิตโพธิสาร ทรงครองราชย์ได้สี่ปีก็เสด็จสวรรคต ประชาชนจึงร่วมกันอัญเชิญพระหม่อมแก้ว พระโอรสในพระวรวงศาธรรมิกราช เสด็จขึ้นครองราชย์ในปี พ.ศ. 2170 เมื่อพระองค์เสด็จสวรรคต พระยาอุปยุวราช พระราชโอรสได้เสด็จขึ้นครองราชย์สืบต่อจากพระราชบิดา เมื่อพระอุปยุวราชเสด็จสวรรคต พระโอรสทั้งสองพระองค์ คือ ท้าวต่อนคำ และท้าววิชัย ได้ร่วมกันปกครองบ้านเมือง กระทั่งท้าววิชัยเสด็จสวรรคตในปี พ.ศ. 2179