อาหารดัดแปลงพันธุกรรม (อังกฤษ: genetically modified foods หรือ GM foods) เป็นอาหารที่ผลิตจากสิ่งมีชีวิตที่ดีเอ็นเอของมันมีการเปลี่ยนแปลงบางอย่างโดยใช้วิธีการทางพันธุวิศวกรรม เทคนิคเหล่านี้ทำให้เกิดลักษณะทางพันธุกรรมใหม่ซึ่งทำให้ต้องมีการควบคุมมากยิ่งขึ้นกว่าการสร้างทางพันธุกรรมในอาหารแบบเก่าก่อนหน้านี้โดยวิธีการเช่นการปรับปรุงพันธุ์แบบคัดเลือก (selective breeding) และการปรับปรุงพันธุ์แบบกลายพันธุ์ (mutation breeding) [1]การนำออกสู่ตลาดในเชิงพาณิชย์ของพืชดัดแปรพันธุกรรมได้เริ่มต้นขึ้นในปี 1994 เมื่อบริษัท Calgene วางตลาด Flavr SAVR (มะเขือเทศสุกช้า) เป็นครั้งแรก[2] จนถึงปัจจุบัน การดัดแปรพันธุกรรมของอาหารส่วนใหญ่ได้เน้นหลักในพืชทำเงินที่มีความต้องการสูงโดยเกษตรกรเช่นถั่วเหลืองดัดแปลง ข้าวโพดดัดแปลง คาโนลา และน้ำมันเมล็ดฝ้าย พืชเหล่านี้ได้รับการดัดแปลงให้มีความต้านทานต่อเชื้อโรคและสารเคมีกำจัดวัชพืชและมีรูปแบบของสารอาหารที่ดีกว่า ปศุสัตว์ก็ได้รับการพัฒนาดัดแปลงแบบทดลองเช่นกัน แม้ว่า ณ เดือนพฤศจิกายน 2013 ยังไม่มีอยู่ในตลาด[3]มีฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ในวงกว้างว่าอาหารในตลาดที่ได้มาจากพืชจีเอ็มโอไม่ได้แสดงความเสี่ยงต่อสุขภาพของมนุษย์มากไปกว่าอาหารธรรมดา[4][5][6][7][8][9] อย่างไรก็ตามฝ่ายตรงข้ามได้คัดค้านอาหารจีเอ็มในหลายเหตุผลรวมทั้งปัญหาด้านความปลอดภัย ความกังวลด้านสิ่งแวดล้อมและความกังวลทางเศรษฐกิจที่ถูกยกขึ้นมาโดยความจริงที่ว่าเมล็ดพันธุ์ (และอาจเป็นสัตว์) จีเอ็มที่เป็นแหล่งที่มาของอาหารอาจมีกรรมสิทธิในทรัพย์สินทางปัญญาที่หลายบริษัทเป็นเจ้าของ