นอกจากในเนื้อของอำพันจะเก็บรักษาโครงสร้างของพืชเอาไว้อย่างสวยงามแล้ว ยังมีการพบซากสัตว์อื่น ๆ อย่างเช่นซากเหลือของแมลง แมงมุม แอนนาลิด กบ[9] สัตว์พวกกุ้งกั้งปู, marine microfossils[10] และสิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ อื่น ๆ ซึ่งถูกจับยึดไว้ด้วยผิวเหนียว ๆ จนฝังแน่นเข้าไปอยู่ในเนื้อของยางไม้ในขณะที่ยังเป็นของไหลหนืดอยู่ โครงสร้างทางอินทรีย์เกือบทั้งหมดจะหายไปถูกทิ้งไว้เพียงช่องโพลงกลวงเท่านั้นและอาจพบร่องรอยของสารไคตินอยู่บ้าง บางครั้งก็พบเส้นขนและแผงขนปรากฏอยู่ด้วย มักพบเศษชิ้นส่วนของไม้ที่ยังถูกรักษาเนื้อไม้เอาไว้อย่างดีในเนื้อของยางไม้ บางครั้งก็พบใบ ดอก และผลในสภาพที่สมบูรณ์ดีเยี่ยม อำพันอาจพบมีลักษณะคล้ายหยดน้ำหรือเป็นลำเรียวยาวในลักษณะที่เกิดจากการหยดย้อยลงมาจากรอยแผลของต้นไม้ นอกเหนือจากยางไม้จะไหลไปตามผิวของลำต้นไม้แล้ว ยางไม้ยังอาจไหลไปในรูกลวงและรอยแตกของต้นไม้ที่ทำให้สามารถพัฒนาเป็นอำพันที่มีรูปลักษณะไม่แน่นอน[11]

การพัฒนาที่ผิดปรกติของยางไม้เรียกว่า “ซัคคิโนซิส” มักพบมีมลทินปะปนอยู่ในเนื้อของอำพันโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อยางไม้หยดลงไปบนพื้นดินที่จะทำให้อำพันนั้นไร้ค่านอกเสียจากการนำไปทำน้ำมันชักเงาและเราเรียกอำพันที่มีมลทินนี้ว่า “เฟอร์นิสส์” การมีแร่ไพไรต์อยู่ด้วยอาจทำให้อำพันมีสีอมน้ำเงิน อำพันที่เรียกกันว่าอำพันสีดำเกิดจากมีลิกไนต์เป็นมลทิน “อำพันโบนี” มีลักษณะขุ่นมัวไปจนถึงมีฟองอากาศเล็ก ๆ ในเนื้อของมัน

อำพันที่โปร่งแสงเมื่อนำไปขัดผิวแล้วจะไม่ทำให้โปร่งใสขึ้นมาเสมอไปด้วยมีมลทินที่ปนเปื้อน มีการพัฒนาเทคนิคการตรวจสอบอำพันที่ขุ่นข้นและทึบแสงเพื่อหาสิ่งที่เข้าไปอยู่ในเนื้ออำพันได้โดยการใช้รังสีเอกซ์ที่มีความคมชัดละเอียดสูงในยุโรเปียน ซินโครตรอน เรดิเอชัน แฟซิลิตี[12] มีการค้นพบซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังเกือบ 360 ชิ้นในเนื้ออำพันทึบแสงจากเมืองชาเรนเทสในฝรั่งเศส พบตัวต่อโบราณ แมลงมีปีก มด และแมงมุมโดยวัดขนาดได้เพียงไม่กี่มิลลิเมตร ซากสิ่งมีชีวิตที่ถูกติดกับอยู่ในเนื้ออำพันทึบแสงเหล่านั้นสามารถถูกสร้างเป็นภาพสามมิติผ่านเครื่องไมโครโตกราฟฟีที่ทำให้เห็นรายละเอียดได้ถึงระดับมาตราส่วนไมโครมีเตอร์ทีเดียว รูปทรงจำลองสามมิติขยายขนาดให้ใหญ่ขึ้นทำด้วยพลาสติกสามารถถูกสร้างขึ้นมาเลียนแบบซากสิ่งมีชีวิตจริงที่อยู่ในเนื้ออำพันเพื่อใช้เป็นสื่อทดแทนในการตั้งชื่อสายพันธุ์ใหม่ของซากดึกดำบรรพ์ในเนื้ออำพันนั้นได้