อำเภอกันทรลักษ์ตั้งอยู่ทางทิศใต้ของจังหวัด มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังต่อไปนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับตำบลสระเยาว์ ตำบลเสื่องข้าว อำเภอศรีรัตนะ และตำบลหนองฮาง ตำบลเสียว ตำบลหนองหว้า ตำบลท่าคล้อ อำเภอเบญจลักษ์
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับตำบลนาห่อม ตำบลโคกชำแระ ตำบลกุดเรือ อำเภอทุ่งศรีอุดม ตำบลไพบูลย์ ตำบลโคกสะอาด อำเภอน้ำขุ่น และตำบลโซง อำเภอน้ำยืน (จังหวัดอุบลราชธานี)
• ทิศใต้ ติดต่อกับจังหวัดพระวิหารและจังหวัดอุดรมีชัย (ประเทศกัมพูชา)
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับตำบลบักดอง ตำบลพราน ตำบลภูฝ้าย ตำบลไพร อำเภอขุนหาญ