ภูกระดึงได้รับการจัดตั้งให้เป็นอุทยานแห่งชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติอันมีลักษณะเด่นเฉพาะเป็นพิเศษ แต่ถึงแม้ว่าภูกระดึงจะมีสถานะเป็นอุทยานแห่งชาติแต่ก็ยังประสบปัญหาการลักลอบล่าสัตว์และเก็บหาของป่า และปัญหาไฟป่าซึ่งเกิดมาจากกิจกรรมของมนุษย์ นอกจากนี้ภูกระดึงยังประสบปัญหาด้านการบริหารและจัดการ ไม่ว่าจะเป็น ไม่มีการจำกัดจำนวนนักท่องเที่ยวให้อยู่ในปริมาณที่เหมาะสม ขาดทรัพยากรที่จำเป็นในการบริหารจัดการ ทั้งงบประมาณ กำลังเจ้าหน้าที่และมาตรการ และยังรวมถึงปัญหาด้านจิตสำนึกของนักท่องเที่ยว

ในปี พ.ศ. 2551 กรมอุทยานแห่งชาติสัตว์ป่าและพันธุ์พืชได้ทำการศึกษาและประเมินความสามารถในการรองรับได้ของอุทยานแห่งชาติ เพื่อไม่ให้เกิดผลกระทบต่อสภาพทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมอันเกิดจากการท่องเที่ยว จึงได้กำหนดจำนวนนักท่องเที่ยวที่จะเข้าไปท่องเที่ยวในอุทยานแห่งชาติจำนวน 10 แห่ง อุทยานแห่งชาติภูกระดึงเป็นหนึ่งในสิบแห่งนั้น[10][11] ซึ่งมีการกำหนดจำนวนนักท่องเที่ยวที่จะเข้าไปท่องเที่ยวและพักแรมบนยอดภูกระดึงวันละ 5,000 คน[12] และภูกระดึงได้มีการปิดฤดูการท่องเที่ยวเฉพาะบนยอดเขาในเดือนมิถุนายน-กันยายนของทุกปี เพื่อให้สภาพธรรมชาติและสภาพแวดล้อมได้มีการพักฟื้นตัว[6]

เนื่องจากปัญหาขยะจำนวนมากที่เกิดจากนักท่องเที่ยว อุทยานแห่งชาติภูกระดึงจึงมีโครงการอาสาสมัครพิทักษ์ภูกระดึง[13] โดยเก็บขยะที่ย่อยสลายไม่ได้ตามธรรมชาติบนยอดเขานำลงมาทิ้งที่เชิงเขาไม่ต่ำกว่าคนละ 1 กิโลกรัม อุทยานจะมอบใบประกาศเกียรติคุณให้เพื่อแสดงว่าท่านเป็นผู้เสียสละและบำเพ็ญตนให้เป็นประโยชน์ต่อธรรมชาติและสังคม นอกจากนี้นักท่องเที่ยวที่นำบรรจุภัณฑ์ที่ย่อยสลายเองตามธรรมชาติไม่ได้หรือต้องใช้เวลาในการย่อยสลายนานมา ต้องมัดจำบรรจุภัณฑ์ต่างๆตามที่ทางอุทยานกำหนดไว้ แล้ววันลงเขาให้นำบรรจุภัณฑ์ดังกล่าวที่เป็นขยะมารับเงินมัดจำนั้นคืนพร้อมทั้งทางอุทยานจะออกใบประกาศเกียรติคุณเช่นกัน[14]

โครงการสร้างกระเช้าไฟฟ้าขึ้นภูกระดึงซึ่งได้เงียบหายไปหลายปีเนื่องจากการคัดค้านจากหลายฝ่ายโดยเฉพาะนักอนุรักษ์ ปัจจุบันได้รับการผลักดันโครงการอีกครั้งทั้งที่ผลสำรวจนักท่องเที่ยวเกือบ 70% นั้นไม่เห็นด้วย คาดว่าแนวเส้นทางการก่อสร้างกระเช้คือจุดเริ่มต้นจากบริเวณที่ทำการอุทยาน ต.ศรีฐาน ถึงบริเวณหลังแป[15][16] โครงการนี้คาดกันว่าจะสามารถกระตุ้นการท่องเที่ยว ทำให้กลุ่มนักท่องเที่ยวหลากหลายขึ้น