อุทยานแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติไทยประจัน อยู่ในเขตการปกครองของตำบลยางหัก ตำบลทุ่งหลวง ตำบลอ่างหิน อำเภอปากท่อ และตำบลบ้านบึง ตำบลหนองพันจันทร์ ตำบลบ้านคา อำเภอบ้านคา จังหวัดราชบุรี โดยได้กำหนดพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติป่าฝั่งซ้ายแม่น้ำภาชี เป็นพื้นที่อุทยานฯ และเป็นพื้นที่ในโครงการอุทยานเฉลิมพระเกียรติไทยประจัน ที่จัดตั้งขึ้นเนื่องในวโรกาสที่สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ จะทรงมีพระชนมพรรษา 5 รอบ ในปี พ.ศ. 2535 เพื่อสนองพระราชปณิธานที่จะทรงอนุรักษ์ป่าไม้ โดยให้ราษฎรช่วยกันรักษาป่าอันเป็นประโยชน์ต่อการดำรงชีวิตของราษฎร ซึ่งได้ทรงมีพระราชดำริไว้เมื่อสิบกว่าปีก่อนที่จะให้มีป่าไม้หลาย ๆแห่งที่อุดมสมบูรณ์ตามสภาพและประเภทของป่าไม้ที่เคยเห็นอีกทั้งเป็นแบบอย่างของการพัฒนาฟื้นฟูสภาพป่า และอนุรักษ์พันธุ์สัตว์ป่าให้คงอยู่คู่แผ่นดินไทย ในอดีตพื้นที่แห่งนี้เป็นจุดยุทธศาสตร์ที่สำคัญ เคยอยู่ใต้อิทธิพลของพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย มีการต่อสู้ระหว่างเจ้าหน้าที่ของรัฐกับผู้ก่อการร้ายคอมมิวนิสต์อย่างรุนแรง เกิดความเสียหายต่อชีวิตและทรัพย์สินอย่างมากมาย จนกระทั่งเจ้าหน้าที่ของรัฐสามารถเข้ามาควบคุมพื้นที่ได้จึงเกิดความสงบสุขขึ้น จากนั้นได้ดำเนินการวางแผนเร่งรัดพัฒนาฟื้นฟูทรัพยากรป่าไม้และสัตว์ป่าในส่วนที่ถูกทำลายให้สอดคล้อง กับพระราชปณิธานของสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ และส่งเสริมพัฒนาอาชีพแก่ราษฎรในพื้นที่ให้มีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นในปี พ.ศ. 2546 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช ได้พิจารณาความเหมาะสมที่จะประกาศจัดตั้งพื้นที่โครงการอุทยานเฉลิมพระเกียรติไทยประจัน ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ โดยตั้งชื่อว่า “อุทยานแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติไทยประจัน” ตามคำสั่งกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืชที่ 2393/2546 ลงวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2546 และได้กำหนดแผนการปฏิบัติงานและงบประมาณจัดการอุทยานแห่งชาติในปี 2548 อุทยานแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติไทยประจันครอบคลุมพื้นที่ อำเภอปากท่อ และอำเภอบ้านคา จังหวัดราชบุรี อยู่บริเวณที่ดินป่าฝั่งซ้ายแม่น้ำภาชี ป่าพุยางและพุสามซ้อน และป่าเขากงเกวียน ที่ทำการอุทยานฯ ตั้งอยู่เลขที่ 110 หมู่ 5 บ้านไทยประจัน ตำบลยางหัก อำเภอปากท่อ จังหวัดราชบุรี พิกัดที่ 0560310 E 1466527 N ระหว่างละติจูดที่ 13 องศา 16 ลิปดาเหนือ ถึงละติจูดที่ 99 องศา 33 ลิปดาตะวันออก มีเนื้อที่ประมาณ 205,777 ไร่ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกากำหนดพื้นที่บริเวณที่ดินป่าฝั่งซ้ายแม่น้ำภาชี ป่ากงเกวียน ป่าพุยาง และป่าพุสามซ้อน ในท้องที่ตำบลอ่างหิน ตำบลทุ่งหลวง ตำบลยางหัก อำเภอปากท่อ ตำบลหนองพันจันทร์ อำเภอบ้านคา จังหวัดราชบุรี ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ ซึ่งประกาศไว้ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 129 ตอนที่ 9 ก วันที่ 24 มกราคม 2555 เนื้อที่ประมาณ 328.74 ตารางกิโลเมตร หรือ 205,463.9 ไร่