แม้อเล็กซานเดอร์จะมีมเหสีอยู่ 3 องค์ แต่สาเหตุที่ทำการอภิเษกสมรสนั้นก็ล้วนเกิดจากปัจจัยทางการเมืองเป็นสำคัญ ดังที่คนส่วนใหญ่ทราบกันดีว่าความสัมพันธ์ของพระองค์กับทหารที่เป็นทั้งเพื่อนสนิทที่มีนามว่า เฮฟีสเทียน นั้นลึกซึ่งเกินกว่าคำว่าเพื่อนสนิทหรือเจ้ากับข้า อริสโตเติลได้อธิบายว่าอเล็กซานเดอร์กับเฮฟีสเทียนนั้นเป็น "หนึ่งวิญญาณที่ดำรงอยู่ในสองร่าง"[50] เมื่อเฮฟีสเทียนเสียชีวิตจากอาการป่วย อเล็กซานเดอร์โทมมนัสนอนกอดศพของเฮฟีสเทียนและร้องไห้อยู่สองวันสองคืนโดยที่ไม่ได้เสวยอะไรเลย[51] ไม่ตอบสนองต่อสิ่งรอบข้าง[52] ทรงใช้ชีวิตที่เหลือหมกมุ่นอยู่กับกับการพิธีศพ การไว้อาลัย และการสร้างสุสานในกรุงบาบิโลนให้เฮฟีสเทียน ทุกครั้งที่อเล็กซานเดอร์ไปทอดพระเนตรการก่อสร้างก็มักจะกลับมาเสวยน้ำจันฑ์ นักประวัติศาสตร์ส่วนใหญ่เห็นตรงกันว่าการตายของเฮฟีสเทียนมีผลทำให้สุขภาพของอเล็กซานเดอร์ทรุดโทรมลง[53]

แปดเดือนหลังเฮฟีสเทียนเสียชีวิต อเล็กซานเดอร์สวรรคตในพระราชวังเนบูคัดเนสซาร์ที่ 2 ที่กรุงบาบิโลนในวันที่ 11 หรือ 12 มิถุนายน 324 ปีก่อนคริสตกาล สาเหตุการสวรรคตไม่เป็นที่แน่ชัด พลูทาร์กระบุว่าอเล็กซานเดอร์เริ่มมีไข้ราว 14 วันก่อนสวรรคตและอาการหนักถึงขั้นตรัสไม่ได้ พระอาการไม่ดีขึ้นจนสวรรคตในที่สุด นักประวัติศาสตร์บางคนอย่างดีโอโอรัส, แอร์เรียน เคยพูดทำนองว่าเจ็บป่วยของอเล็กซานเดอร์อาจเกิดจากการวางยาพิษในไวน์ พลูทาร์กปฏิเสธทฤษฎีนี้โดยมองว่าเป็นการคิดเอาเอง เพราะความเป็นอยู่ของทั้งจักรวรรดิล้วนขึ้นอยู่กับสุขภาพของอเล็กซานเดอร์ แต่ดีโอโอรัสและแอร์เรียนก็ออกมาแก้ต่างว่าเขาเสนอทฤษฎีพวกนี้เพื่อให้มันครอบคลุมความเป็นไปได้รอบด้านเท่านั้น ไม่ได้จริงจังอะไร

ถึงกระนั้น นักประวัติศาสตร์ในเวลาต่อมาก็พยายามหาเหตุผลมาเชื่อมโยงและสนับสนุนสมมติฐานนี้ บ้างชี้ว่าแอนติปาโทรส (Antipatros) ที่พึ่งหลุดจากตำแหน่งอุปราชมาเกโดนีอาเป็นผู้บงการให้ลูกชายเป็นคนวางยา[54][55] บ้างกล่าวหาพระนางโอลิมพีอัส มารดาของอเล็กซานเดอร์ เป็นผู้บงการตัวจริง บ้างถึงขนาดว่าอริสโตเติลอาจมีส่วนร่วม[54]