ยุคเริ่มต้น

ฮอกวอตส์ก่อตั้งขึ้นประมาณหนึ่งพันปีมาแล้ว โดยพ่อมดและแม่มดที่ยิ่งใหญ่มากในยุคนั้นสี่คน ก็อดดริก กริฟฟินดอร์ เฮลก้า ฮัฟเฟิลพัฟ โรเวนนา เรเวนคลอ และซัลลาซาร์ สลิธีริน โดยในยุคแรกทั้งสี่เป็นผู้ฝึกสอนนักเรียนด้วยตนเอง เมื่อเวลาผ่านไปก็มีจำนวนนักเรียนมากขึ้นเรื่อย ๆ หลังจากนั้นก็เริ่มมีความขัดแย้งเกิดขึ้น จากการที่ซัลลาซาร์ สลิธีรินต้องการรับเฉพาะเด็กที่มีสายเลือดบริสุทธิ์ (คนที่เกิดจากครอบครัวที่มีสมาชิกเป็นผู้ใช้เวทมนตร์ทั้งหมด) เพราะไม่เชื่อถือในเด็กเลือดผสมและเด็กที่เกิดจากมักเกิ้ล แต่ผู้ร่วมก่อตั้งคนอื่นไม่เห็นด้วย สลิธีรินจึงได้สร้างห้องแห่งความลับและจากโรงเรียนไป เชื่อกันว่าเมื่อมีทายาทของสลิธีรินมาที่โรงเรียน เขาจะเปิดห้องแห่งความลับและปล่อยบาซิลิสก์ออกมาเพื่อ "กวาดล้างพวกที่ไม่มีค่าพอจะเล่าเรียนเวทมนตร์คาถาให้หมดไปจากโรงเรียน" ทายาทของสลิธิรินที่ได้มาเปิดห้องแห่งความลับเท่าที่ทราบมีเพียงคนเดียวคือ ทอม มาร์โวโล่ ริดเดิ้ล (ซึ่งต่อมาคือลอร์ดโวลเดอมอร์)

ยุคกลาง

ไม่มีข้อมูลในหนังสือมากนักที่ระบุถึงประวัติศาสตร์ของฮอกวอตส์หลังจากการก่อตั้ง จนกระทั่งถึงราวห้าสิบปีก่อนการเข้าเรียนของแฮร์รี่ พอตเตอร์

หลังจากก่อตั้งโรงเรียนได้ราวสามร้อยปี ได้เริ่มการประลองเวทไตรภาคี กับโรงเรียนเวทมนตร์ที่มีชื่อเสียงของยุโรปอีกสองแห่งคือ เดิร์มสแตรง และโบซ์บาตง การแข่งขันนี้ดำเนินไปเป็นเวลาหกศตวรรษ ก่อนจะหยุดไปเพราะยอดการเสียชีวิตที่สูง และเริ่มอีกครั้งในปีพ.ศ. 2537 ในแฮร์รี่ พอตเตอร์กับถ้วยอัคนี

ยุคใหม่

ฮอกวอตส์เสี่ยงต่อการถูกปิดถึงสองครั้ง ครั้งแรกในปีพ.ศ. 2485 เมื่อทอม ริดเดิ้ล ทายาทของสลิธีริน เปิดห้องแห่งความลับเมื่อเขาอยู่ปีห้า มีผู้เสียชีวิตหนึ่งคนเป็นเด็กผู้หญิงชื่อเมอร์เทิล กระทรวงเวทมนตร์ขู่ที่จะปิดฮอกวอตส์ เนื่องจากริดเดิ้ล ซึ่งอาศัยอยู่ในสถานเลี้ยงเด็กกำพร้าของมักเกิ้ล ไม่ต้องการให้ฮอกวอตส์ถูกปิด เขาจึงโยนความผิดให้รูเบอัส แฮกริด ทำให้แฮกริดถูกไล่ออก

เมื่อแฮร์รี่อยู่ปีสอง ห้องแห่งความลับถูกเปิดอีกครั้งโดยจินนี่ วีสลีย์ ภายใต้อิทธิพลของไดอารี่ของริดเดิ้ล (หนึ่งในฮอร์ครักซ์ของโวลเดอมอร์) ความทรงจำของริดเดิ้ลควบคุมจินนี่ผ่านไดอารี่ และเปิดห้องแห่งความลับขึ้นเป็นครั้งที่สอง จินนี่ได้ไดอารี่ของริดเดิ้ลจากการที่ลูเซียส มัลฟอยแอบสอดไดอารี่ไว้ในหนังสือเรียนของเธอ โดยหวังว่าเธอจะถูกจับได้และกระทบไปถึงอาร์เธอร์ วีสลีย์ พ่อของเธอ รวมถึงกำจัดนักเรียนที่ไม่ใช่เลือดบริสุทธิ์ให้หมดไปจากโรงเรียน อย่างไรก็ตาม แฮร์รี่ พอตเตอร์ค้นพบความจริง ทำลายไดอารี่และบาสิลิสก์ในห้องแห่งความลับ ทำให้ฮอร์ครักซ์หมดไปหนึ่งอัน

ในปีที่สี่ของแฮร์รี่ การประลองเวทไตรภาคีได้จัดขึ้นอีกครั้ง บาร์ตี้ เคราช์ จูเนียร์ ปลอมตัวเข้ามาเป็นอลาสเตอร์ มู้ดดี้ และใส่ชื่อของแฮร์รี่ในถ้วยอัคนีในฐานะโรงเรียนที่สี่ซึ่งไม่มีอยู่จริง เคราช์ช่วยเหลือแฮร์รี่ตลอดการแข่งขัน เพื่อให้แฮร์รี่ชนะ โดยเฉพาะในภารกิจสุดท้ายซึ่งเคราช์เปลี่ยนถ้วยไตรภาคีเป็นกุญแจนำทางสู่ลอร์ดโวลเดอมอร์ แฮร์รี่รอดมาได้ แต่โวลเดอมอร์สามารถคืนชีพเป็นผลสำเร็จจากเลือดของแฮร์รี่ รวมถึงทำลายเกราะป้องกันของแฮร์รี่บางอย่างด้วย

ในปีที่ห้าของแฮร์รี่ กระทรวงเวทมนตร์พยายามแทรกแซงฮอกวอตส์ผ่าน "กฤษฎีกาการศึกษา" หลายฉบับ โดยส่งโดโลเรส อัมบริดจ์เข้ามาเป็นอาจารย์วิชาการป้องกันตัวจากศาสตร์มืด เธอค่อย ๆ ควบคุมฮอกวอตส์ผ่านกฤษฎีกาหลายฉบับ และเข้าแทนตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ในเวลาต่อมา หลังจากที่ถูกทำร้ายโดยเซนทอร์ในป่าต้องห้าม และคอร์นีเลียส ฟัดจ์จำเป็นต้องยอมรับการคืนชีพของโวลเดอมอร์ อัมบริดจ์ถูกถอดออกจากโรงเรียน

ในตอนท้ายปีที่หกของแฮร์รี่ อาจารย์ใหญ่อัลบัส ดัมเบิลดอร์ถูกสังหารโดยเซเวอรัส สเนป อาจารย์วิชาแปรงร่าง มิเนอร์วา มักกอนนากัล ดำรงตำแหน่งรักษาการอาจารย์ใหญ่ ในปีสุดท้ายของแฮร์รี่ ฮอกวอตส์ถูกโจมตีโดยกองกำลังของโวลเดอมอร์ เมื่อเขาพบว่าแฮร์รี่อยู่ที่นั่น เหล่าคณาจารย์ ภาคีนกฟีนิกซ์ กองทัพดัมเบิลดอร์และนักเรียนที่บรรลุนิติภาวะแล้วร่วมต่อสู้ด้วย สงครามจบลงด้วยการตายของโวลเดอมอร์ และซากปรักหักพังของฮอกวอตส์ อย่างไรก็ตาม ฮอกวอตส์ยังคงเปิดสอนต่อไป ภายใต้การบริหารจัดการของมักกอนนากัล และเนวิลล์ ลองบัตท่อม ได้เป็นอาจารย์สอนวิชาสมุนไพรศาสตร์