การปกครองคณะสงฆ์ระดับจังหวัดเป็นไปตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 ฉบับแก้ไข พ.ศ. 2534 ที่จัดให้มีการปกครองคณะสงฆ์ระดับต่าง ๆ ลดหลั่นกันไปจนกระทั่งถึงระดับจังหวัด โดยจังหวัดพิษณุโลกอยู่เขตปกครองคณะสงฆ์ภาค 5 ในเขตปกครองคณะสงฆ์หนเหนือ โดยจัดแบ่งการปครองภายในเป็น 9 อำเภอ (9 เจ้าคณะเภอ) 98 ตำบล (98 เจ้าคณะตำบล) ปัจจุบันมี(1) พระราชธรรมคณี (นารถ ลวณรกฺโณ น.ธ.เอก) เจ้าอาวาสวัดศรีรัตนาราม ตำบลท่าทอง อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก ที่ปรึกษาเจ้าคณะจังหวัดพิษณุโลก(2) พระศรีรัตนมุนี (ขวัญรัก ป.ธ.9) เจ้าคณะจังหวัดพิษณุโลก (ตามมติประชุมมหาเถรสมาคม ครั้งที่ 05/2561 มติที่ 125/2561 เมื่อวันที่ ๒๐ กุมภาพันธ์ ๒๕๖๑ การเสนอแต่งตั้ง พระศรีรัตนมุนี ให้ดำรงตำแหน่ง เจ้าคณะจังหวัดพิษณุโลก ได้รับตราตั้งพระบัญชาฯ วันที่ 2 พฤษภาคม 2561 ) วัดพระศรีรัตนมหาธาตุ ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก(3) พระครูศรีสุธรรมาภรณ์ (ยงยุทธิ์ ป.ธ.6) รองเจ้าคณะจังหวัดพิษณุโลก รูปที่ 1 วัดมะขามเตี้ย ตำบลหัวรอ อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก]