ธงกองทัพเขตอุปราชแห่งเปรู (อังกฤษ: Viceroyalty of Peru) คือบริเวณที่อยู่ภายใต้การปกครองของจักรวรรดิสเปนในแถบอเมริกาใต้ พื้นที่ในช่วงแรกได้แก่บริเวณประเทศเปรูและประเทศชิลีในปัจจุบัน ต่อมาจึงได้ขยายเขตออกจนครอบคลุมพื้นที่เกือบทั้งหมดของทวีป ศูนย์กลางการปกครองของเขตนี้คือ ลิมา โดยสเปนจะส่งอุปราชเข้ามาปกครอง ขึ้นตรงต่อกษัตริย์สเปน