เจ้าชายมานูเอลแห่งบาวาเรีย (อังกฤษ: His Royal Highness Prince Manuel of Bavaria) ประสูติเมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2515 เป็นพระโอรสพระองค์ใหญ่ใน เจ้าชายเลโอปอล์ดแห่งบาวาเรีย กับ เออซูลาร์ เออคิเมน พระองค์ประสูติก่อนพระบิดาและพระมารดาจะเสกสมรสกัน 5 ปี ถึงแม้ว่าภายหลังที่พระบิดาและพระมารดาเสกสมรสกันแล้ว แต่พระองค์และพระอนุชาและพระขนิษฐาอีก 3 พระองค์ก็ทรงถูกละเว้นในการสืบทอดตำแหน่งประมุขแห่งราชวงศ์บาวาเรีย และเมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2542 เจ้าชายฟรันซ์ ดยุกแห่งบาวาเรีย พระประมุขพระองค์ปัจจุบันแห่งราชวงศ์บาวาเรีย ยอมรับการเสกสมรสของพระองค์กับ เจ้าหญิงอันนาแห่งบาวาเรีย พระชายา ซึ่งภายหลังการเสกสมรสนั้น พระบุตรยังเป็นที่ถกเถียงในการสืบทอดตำแหน่งในอนาคตเจ้าชายมานูเอลแห่งบาวาเรีย ทรงจบการศึกษาจากมหาวิทยาลัยโคลัมเบีย และทรงได้รับการถวายปริญญาเอกจากมหาลัยแห่งนี้ ปัจจุบันทรงเป็นนักวิจัยเรื่องโรคหัวใจ