เทศบาลตำบลเวียงเชียงแสน ได้รับการยกฐานะจากสุขาภิบาลเวียงเชียงแสน เป็นเทศบาลตำบลเวียงเชียงแสน ตามพระราชบัญญัติเปลี่ยนแปลงฐานะสุขาภิบาลเป็นเทศบาล พ.ศ. 2542 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม116 ตอนที่ 9 ก วันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2542 มีผลทำให้สุขาภิบาลเวียงเชียงแสน เป็นเทศบาลตำบลเวียงเชียงแสน เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2542 โดยกำหนดให้ดวงตราประจำเทศบาลเป็นรูปพระธาตุเจดีย์ แสดงถึงการเป็นประวัติศาสตร์ ซึ่งมีโบราณสถานและโบราณวัตถุปรากฏให้เห็นเป็นจำนวนมาก รูปกำแพง แสดงถึงอาณาเขตซึ่งมีกำแพงเมืองเก่าล้อมรอบเขตเทศบาล ถึง 3 ด้าน แม่น้ำ แสดงถึงแม่น้ำโขง ซึ่งเป็นแม่น้ำนานาชาติ กั้นพรมแดนระหว่างประเทศไทยกับประเทศลาว