โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย สุพรรณบุรี เป็นหนึ่งใน 9 โรงเรียนเฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร เนื่องในโอกาสการจัด งานฉลองสิริราชสมบัติ ครบ 50 ปี ในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2539 จัดตั้งโดยกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ โดยถือเอาวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 เป็นวันสถาปนาโรงเรียนปัจจุบันโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย สุพรรณบุรี ได้มีการยกระดับให้ก้าวสู่การเป็นโรงเรียนส่งเสริมความเป็นเลิศทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ เช่นเดียวกับโรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ และเพื่อสนองตอบต่อนโยบายการปฏิรูปการศึกษาของประเทศในการพัฒนาเยาวชนให้สู่ความเป็นเลิศ ร่วมกับโรงเรียนกาญจนาภิเษกอีกทั้ง 8 แห่ง ซึ่งคณะทำงานในการยกระดับโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัยก้าวสู่การเป็นโรงเรียนส่งเสริมความเป็นเลิศทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ได้เสนอแผนโครงการ และ รมว.ศธ. ได้มอบให้ สพฐ. ได้ปรับใช้งบประมาณปี 2554 มาดำเนินการให้กับโรงเรียนในการปรับปรุงเบื้องต้น โรงเรียนละ 5 ล้านบาท สำหรับแผนการพัฒนาตั้งแต่ปี 2555-2561 ให้ สพฐ. ดำเนินการตามแผนงบประมาณรายจ่ายประจำปีให้เป็นไปตามนโยบายที่ได้จัดทำร่วมกัน