โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา 2 ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2535 บนที่ดินซึ่งนางทองสุข สุขทุม และนายเกษม คงสามสี คหบดีสองพี่น้อง มอบให้แก่กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 10 เมษายน ปีนั้น เพื่อเป็นที่ศึกษาเล่าเรียนของเยาวชนในย่านมีนบุรีและคลองสามวาโดยเฉพาะ ซึ่งภายหลังสถาปนาอาคารต่าง ๆ แล้ว กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งเป็นโรงเรียนสหศึกษา ชื่อ "โรงเรียนสตรีวิทยา 4" สังกัดกรมสามัญศึกษา โดยมอบให้โรงเรียนสตรีวิทยา 2 เป็นพี่เลี้ยง และให้นางสาวสมภาพ คมสัน ผู้อำนวยโรงเรียนสตรีวิทยา 2 รักษาการตำแหน่งผู้อำนวยโรงเรียนไปพลางก่อนต่อมา วันที่ 10 สิงหาคม ปีเดียวกัน กรมสามัญศึกษาประกาศเปลี่ยนชื่อโรงเรียนตามที่ได้รับพระราชทานพระบรมราชานุญาต และเพื่อให้สอดคล้องกับโรงเรียนพี่เลี้ยง เป็น "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา 2 มีนบุรี" อักษรย่อว่า "นมร.ส.ว.2" และวันที่ 15 มิถุนายน ปีนั้นเอง กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้นางวิลาวัณย์ สิทธิ์วงศ์ ผู้ช่วยผู้อำนวยโรงเรียนสตรีวิทยา 2 เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน นมร.ส.ว.2 พร้อมได้อนุมัติงบประมาณ 95.3 ล้านบาท เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ 6 ชั้น 3 อาคารติดต่อกัน และอาคารอเนกประสงค์อีก 1 หลัง ใช้เวลาก่อสร้าง 680 วันจึงแล้วเสร็จครั้นปีการศึกษา 2539 กรุงเทพมหานครได้แบ่งเขตการปกครองใหม่ โดยได้แบ่งเขตมีนบุรีออกเป็น 2 เขต คือ เขตมีนบุรี และเขตคลองสามวา ซึ่งเดิมที่ตั้งของโรงเรียนเดิมอยู่ในเขตมีนบุรีจึงได้ชื่อ "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา 2 มีนบุรี" แต่เมื่อแบ่งเขตใหม่แล้ว ไปอยู่ในเขตคลองสามวาแทน จึงได้ชื่อใหม่เป็น "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา 2"ปัจจุบัน อยู่ในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากรุงเทพมหานคร เขตที่ 2