โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สวนกุหลาบวิทยาลัย ปทุมธานี เป็นโรงเรียนในโครงการเฉลิมพระเกียรติ ในกลุ่มโรงเรียน 9 นวมินทราชินูทิศ และเป็นโรงเรียนในเครือสวนกุหลาบวิทยาลัย แห่งที่ 4 เมื่อวันที่ 12-13 ตุลาคม พ.ศ. 2534 กรมสามัญศึกษาได้พิจารณาดำเนินการรับที่ดินไว้จัดตั้งเป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ในปี พ.ศ. 2535 กรมสามัญศึกษาได้มอบหมายให้โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย เป็นผู้ประสานงานจัดตั้งโรงเรียนในโครงการ 1 ใน 9 โรงเรียน โดยใช้ที่ดินบริจาคของคุณสมหมาย แก้วสวัสดิ์ในโครงการวิคตอเรียปาร์ค จำนวน 20 ไร่ และใช้ชื่อโรงเรียนว่า "โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย ปทุมธานี" ถือเป็นโรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย แห่งแรกของจังหวัดปทุมธานี และเป็นโรงเรียนในเครือสวนกุหลาบวิทยาลัยแห่งที่4ของประเทศไทยโรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สวนกุหลาบวิทยาลัย ปทุมธานี ประกาศจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 4 มีนาคม 2535 โดยเป็นโรงเรียน 1 ใน 9 โรงเรียนที่กระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งเพื่อเฉลิมพระเกียรติในมหามงคลสมัยที่สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ทรงเจริญพระชนมพรรษา 60 พรรษา ได้รับพระราชทานนามจากสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงว่า "นวมินทราชินูทิศ" และโดยที่กระทรวงศึกษาธิการได้มอบหมายให้อยู่ในความดูแลของโรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย ในระยะเริ่มแรก กระทรวงศึกษาธิการจึงให้เติมต่อท้ายชื่อ ว่า "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สวนกุหลาบวิทยาลัย ปทุมธานี" และได้รับมอบหมายให้นายผจง อุบลเลิศ ครูโรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย ในขณะนั้นเป็นผู้ประสานการจัดตั้งและดูแล โดยต่อมาเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สวนกุหลาบวิทยาลัย ปทุมธานีคนแรกปัจจุบัน โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สวนกุหลาบวิทยาลัย ปทุมธานี สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาปทุมธานี เขต 2 กระทรวงศึกษาธิการ มีผู้บริหารสถานศึกษามาแล้ว 12 คน เปิดทำการสอนช่วงชั้นที่ 3 - 4 (ม.1 - 6)