โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ เบญจมราชาลัย ก่อตั้งเมื่อวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2534 เป็นโรงเรียนในโครงการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง เนื่องในมหาศุภสมัยทรงเจริญพระชนมพรรษา 60 พรรษา ซึ่งทางกระทรวงศึกษาธิการถือเป็นโอกาสอันสำคัญยิ่ง เพื่อน้อมเกล้าฯ ถวายเป็นราชสักการะและอนุสรณ์สถานแก่อนุชนรุ่นหลัง ให้ได้ระลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณที่มีต่อปวงชนชาวไทยในด้านการศึกษา โดย สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ได้พระราชทานนามโรงเรียนว่า "นวมินทราชินูทิศ" ซึ่งมีความหมายว่า โรงเรียนที่อุทิศแด่พระราชินีลำดับที่ 9 ผู้เป็นใหญ่ (นวม (อ่านว่า นะ-วะ-มะ) + อินทร์ + ราชินี + อุทิศ) และเนื่องจากโรงเรียนมีชื่อเดิมว่า "เบญจมราชาลัย 3" กระทรวงศึกษาธิการจึงประกาศเปลี่ยนชื่อ โรงเรียนเป็น "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ เบญจมราชาลัย"