โรงเรียนบาลีเตรียมอุดมศึกษามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ พัฒนาเปลี่ยน แปลงมาจากส่วนงานเดิมที่ชื่อว่าแผนกบาลีเตรียมอุดมศึกษา ม.จ.ร. ปัจจุบันจัดการศึกษาในระดับมัธยมศึกษา ตอนปลาย (ม.๔, ม.๕, ม.๖) ตามหลักสูตรโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา พ.ศ. ๒๕๒๔ ของกระทรวงศึกษาธิการ มีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่ชั้น ๒ อาคารเรียนมหาจุฬาฯ ภายในบริเวณวัดมหาธาตุ ยุวราชรังสฤษฎ์ ถนนมหาราช ท่าพระจันทร์ แขวงพระบรมมหาราชวัง เขตพระนคร กรุงเทพฯ ปัจจุบันมีห้อง เรียนรวม ๑๔ ห้อง มีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น รวม ๕๒๑ รูปเนื่องมาจากมีความจำเป็นต้องขยายการเปิดรับนักเรียนเพิ่มขึ้นโดยลำดับ เพื่อเปิดโอกาสให้พระภิกษุ สามเณรได้ศึกษาตามควร จึงได้ขยายห้องเรียนไปยังที่ต่าง ๆ คือ นอกจากที่ อาคารเรียนมหาจุฬาฯ แล้วก็ยังมีที่ตึกมหาธาตุวิทยาลัย, ตึกสังฆกเสนาสน์ (ตึกแดง) ซึ่งทั้งหมดนี้ตั้งอยู่ภายในบริเวณ วัดมหาธาตุ ทั้งสิ้น และอีกแห่งหนึ่ง คือที่ ตึกญาโณทยมหาเถระ ตั้งอยู่บริเวณภายใน วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร ถนนจักรพรรดิพงศ์, แขวงบ้านบาตรเขตป้อมปราบศัตรูพ่าย กรุงเทพฯ รวมเป็น ๔ แห่งด้วยกันแผนกบาลีเตรียมอุดมศึกษา ระยะแรกเริ่มคือ ในคราวเปิดเรียนครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๙๐ นั้น มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้แบ่งชั้นเรียนเป็น ๓ ชั้นคือพระภิกษุสามเณรที่เป็น เปรียญและ น.ธ.เอก ถ้ามีพื้นความรู้เพียงจบชั้นประถมปีที่ ๔ ก็ให้เข้าเรียน “ชั้นต้น” ผู้ที่มีพื้นความรู้จบชั้น มัธยม ๓ ก็เข้าเรียน “ชั้นกลาง” และผู้ที่มีความรู้จบชั้นมัธยม 5 ก็เข้าเรียน “ชั้นสูง” และชั้นสูงนี้ก็เท่ากับชั้น เตรียมอุดมศึกษานั่นเอง ซึ่งในปีแรกนั้น มีนักเรียนชั้นสูงเพียง ๖-๗ รูป แต่ก็ไม่มีใครเรียนตลอด และถึง ปี พ.ศ. ๒๔๙๑ นั้นนักเรียนชั้นสูง ก็ออกไปหมด นักเรียนชั้นกลางได้สอบขึ้นมาเรียนใน “ชั้นสูง” แทน ครั้นพ.ศ. ๒๕๔๒ ชั้นบาลีเตรียมอุดมศึกษาแผนกบาลีเตรียมอุดมศึกษา ก็เปิดรับนักเรียนที่มีพื้นความรู้มา จากการจัดอบรมผู้เข้าเรียน ซึ่งมีคุณสมบัติเป็นเปรียญธรรมเป็นหลัก โดยใช้ระยะเวลาอบรมตามหลัก สูตร ๒ ปี มีความรู้ระดับมัธยม 5 ในสมัยนั้น (ปัจจุบันคือ ม.๖) ซึ่งระบบการเรียนตามหลักสูตรดังกล่าว นี้ ได้พัฒนามาเป็น “แผนกบาลีอบรมศึกษา” และได้กลายเป็น “โรงเรียนบาลีอบรมศึกษา” ในเวลาต่อมาเช่น ที่ปรากฏอยู่ในปัจจุบันแผนกบาลีเตรียมอุดมศึกษาได้เปิดดำเนินการศึกษาเป็นรูปธรรมจริง ๆ ขึ้นนับแต่วันที่ ๑๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๙๒ เป็นต้นมา ตาม “หลักสูตรบาลีเตรียมอุดมศึกษามหาจุฬาฯ” ซึ่งผสมผสานวิชาฝ่าย สามัญศึกษาระดับเตรียมอุดม แผนกอักษรศาสตร์เข้ากับวิชาบาลีและธรรมวินัย ตามเกณฑ์มาตรฐานกำหนด ให้สอดคล้องกับสมณภาวะ และเป้าประสงค์ของสถาบันมหาจุฬาฯ ที่วางไว้