โรงเรียนห้วยกระเจาพิทยาคม ในปี พ.ศ. 2537 กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอห้วยกระเจาขึ้นที่บ้านไผ่สี ตำบลสระลงเรือ อำเภอห้วยกระเจา จังหวัดกาญจนบุรี โดยอยู่ในความดูแลของ โรงเรียนพนมทวนพิทยาคม “ สว่างเคลิ้มสุคนธสิทธิ์ ” ซึ่งสถานที่ตั้งโรงเรียนได้มาจากการบริจาคที่ดิน ของนายเปรื่อง ยี่สรง จำนวน 28 ไร่ 2 งาน 26 ตารางวา และนางละออง ทองหาร จำนวน 7ไร่ 1 งาน 73 ตารางวา เป็น 2 แปลง รวม 35 ไร่ 3 งาน 99 ตารางวา แต่เนื่องจากการก่อสร้างอาคารเรียนยังไม่แล้วเสร็จจึงต้องอาศัยเรียนชั่วคราว ที่โรงเรียนบ้านไผ่สี ตำบลสระลงเรือ อำเภอห้วยกระเจา จังหวัดกาญจนบุรี เริ่มเปิดเรียนวันแรกเมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม 2537 มีนักเรียนรุ่นที่ 1 จำนวน 48 คน แยกเป็นนักเรียนชาย 29 คน นักเรียนหญิง 19 คน ต่อมาเมื่ออาคารสร้างเสร็จเรียบร้อยจึงได้ย้ายมาอยู่ที่อยู่ปัจจุบัน เมื่อวันที่ 9 มกราคม 2538 โดยใช้ชื่อว่า “ โรงเรียนห้วยกระเจาพิทยาคม ” มีนายสะอาด ทั่นเส้ง ทำหน้าที่เป็นครูใหญ่ อาคารหลังแรกเป็นอาคารชั่วคราว 1 หลัง 4 ห้องเรียน และส้วมนักเรียน 1 หลัง 8 ที่นั่ง ด้วยเงินบริจาค 200,000 บาท