โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เดิมชื่อ โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี เป็นโรงเรียนสหศึกษาเอกชน อยู่ภายใต้การดำเนินงานของมูลนิธิส่งเสริมการศึกษา คณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร แห่งประเทศไทย เปิดการเรียนการสอนระดับชั้นอนุบาล – มัธยมศึกษาปีที่ 6 ในหลักสูตรปกติ และหลักสูตรภาษาอังกฤษโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เริ่มก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2537 เมื่อบริษัท บางกอกแอร์พอร์ท อินดัสทรี จำกัด โดยนายอนันต์ กาญจนพาสน์ เจ้าของโครงการเมืองทองธานี ได้มอบที่ดินจำนวน 10 ไร่ ให้แก่มูลนิธิส่งเสริมการศึกษาคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2537 และดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียน 3 หลัง จากนั้นเปิดการเรียนการสอนตั้งแต่วันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2540 ใช้ชื่อว่า "โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี" และได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น "โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์" ตั้งแต่วันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2543 พร้อมกับขยายพื้นที่ของโรงเรียนจาก 10 ไร่ เป็น 23 ไร่โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เป็นโรงเรียนหนึ่งภายใต้การดำเนินงานของมูลนิธิส่งเสริมการศึกษา คณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร แห่งประเทศไทยโดยมี นางสาวศรีสมร ชำนาญธรรม เป็นผู้รับใบอนุญาต และนางสาวบุษบา ชูวิรัช เป็นผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต/ผู้อำนวยการโรงเรียน ภาคภาษาไทย