โรตาไวรัส (อังกฤษ: Rotavirus) เป็นชื่อจีนัสของเชื้อไวรัสที่เป็นสาเหตุของโรคลำไส้อักเสบจากเชื้อโรตาไวรัส ซึ่งเป็นสาเหตุของภาวะท้องร่วงรุนแรงในทารกและเด็กเล็กที่พบบ่อยที่สุด ไวรัสในจีนัสนี้เป็นไวรัสชนิดอาร์เอ็นเอสายคู่ อยู่ในแฟมิลีรีโอวิริดี เด็กแทบทุกคนบนโลกเมื่ออายุครบ 5 ปีจะเคยติดเชื้อนี้มาแล้วอย่างน้อยหนึ่งครั้ง แต่ละครั้งที่ติดเชื้อร่างกายจะสร้างภูมิคุ้มกัน ทำให้การติดเชื้อครั้งถัดๆ ไปมีความรุนแรงลดลง และทำให้โรคนี้พบได้น้อยในผู้ใหญ่ ไวรัสในจีนัสนี้มีสปีชีส์ย่อยอยู่ 8 สปีชีส์ ได้แก่ เอ บี ซี ดี อี เอฟ จี และเอช ที่พบบ่อยที่สุดคือโรตาไวรัสเอ ซึ่งเป็นสาเหตุของการติดเชื้อโรตาไวรัสในมนุษย์ถึง 90%เชื้อนี้ติดต่อผ่านทางการกินอาหารที่ปนเปื้อนอุจจาระที่มีเชื้อ เมื่อเข้าสู่ร่างกายแล้วจะทำให้เกิดการติดเชื้อในเซลล์เยื่อบุผนังลำไส้เล็ก ทำให้เกิดกระเพาะอาหารและลำไส้อักเสบ (บางครั้งเรียก "ไข้หวัดใหญ่ลงกระเพาะ" แต่เชื้อนี้ไม่มีความเกี่ยวข้องกับไวรัสไข้หวัดใหญ่แต่อย่างใด)