ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก 2549 เป็นการแข่งขัน ไทยพรีเมียร์ลีก จัดขึ้นเป็นครั้งที่ 10 มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันจำนวน 12 ทีม ทำการแข่งขันตั้งแต่ วันเสาร์ที่ 28 มกราคม พ.ศ. 2549 ถึง วันอาทิตย์ที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 โดยปีนี้เป็นปีแรกที่มีสโมสรจาก โปรวินเชียลลีก เข้าร่วมการแข่งขัน (ทีมชนะเลิศและรองชนะเลิศจากโปรวินเชียลลีก ฤดูกาล 2548 ได้แก่ สโมสรชลบุรี และสโมสรสุพรรณบุรี) เมื่อจบการแข่งขันในฤดูกาลนี้ไม่มีทีมใดต้องตกชั้น เนื่องจากอยู่ในระหว่างการปรับโครงสร้างลีก