ตามอนุกรมวิธาน Acinetobacter spp. เป็นสกุลหนึ่งในวงศ์ Moraxellaceae ซึ่งประกอบด้วยแบคทีเรียในสกุล Moraxella, Acinetobacter และ Psychrobacter รวมทั้งเชื้ออื่นที่มีความสัมพันธ์กับเชื้อเหล่านี้) [2]

ความก้าวหน้าทางจุลชีววิทยาระดับโมเลกุล ทำให้การจัดแบ่งสปีชีส์ ของเชื้อทำได้แน่นอนขึ้นกว่าในอดีต โดยใช้วิธีการ Transformation test และ DNA-DNA hybridization แต่วิธีการดังกล่าวทำได้ยากในห้องปฏิบัติการทั่วไป จากการศึกษาเปรียบเทียบดีเอ็นเอ ของ Acinetobacter spp. เพื่อแบ่งแยกสปีชีส์โดยถือว่าเชื้อที่มีการจัดเรียงตัวและลำดับของ นิวคลีโอไทด์ เหมือนกันตั้งแต่ร้อยละ 70 ขึ้นไป และมีค่าของความแตกต่างของอุณหภูมิการแยกสายดีเอ็นเอ (ΔTm) น้อยกว่า 5 °C ถือว่าเป็นสปีชีส์เดียวกัน โดยเรียกว่า genomic species หรือ DNA group (หากเชื้อใน genomic species ใด มีลักษณะทาง phenotypes ที่แตกต่างจาก genomic species อื่นเด่นชัด ก็สามารถตั้งชื่อ species อื่นได้) ปัจจุบันสามารถแบ่งกลุ่มของ Acinetobacter spp. ได้เป็นสามสปีชีส์ คือ

• Acinetobacter calcoaceticus-baumanii complex
• Acinetobacter lwoffii
• Acinetobacter haemolyticus