บรรพชนของขงจื๊อสืบเชื้อสายจากเจ้าผู้ครองแคว้นซ่ง（宋国）ซึ่งเป็นหนึ่งในสายราชนิกุลแห่งราชวงศ์ซาง（商朝）บรรพชนรุ่นต่อมาได้รับราชการเป็นขุนนางชั้นสูงของแคว้นซ่งมาหลายชั่วคน แต่ด้วยเหตุความวุ่นวายทางการเมืองจึงลี้ภัยมาอยู่ที่แคว้นหลู่（鲁国）บิดาของขงจื๊อมีนามว่า ข่งเหอ（孔纥）หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า ซูเหลียงเหอ（叔梁纥）เป็นผู้มีการศึกษาและชำนาญยุทธ์รูปร่างสูงใหญ่กำยำ รับราชการในแคว้นหลู่ และเคยเข้าร่วมกับกองทัพปกป้องบ้านเมืองจาการรุกรานของต่างแว่นแคว้นถึง 2 ครั้ง เขามีภรรยา 3 คน ภรรยาคนแรกให้กำเนิดบุตรสาว 9 คน ส่วนภรรยาคนที่สอง ถึงแม้จะให้กำเนิดบุตรชายคนแรก แต่ก็พิการทางขาตั้งแต่ยังเด็ก ซูเหลียงเหอในวัย 66 ปีจึงต้องแต่ง เหยียนเจิงไจ้（颜征在 บางตำราเขียนว่า 颜征）เป็นภรรยาคนที่สาม เพื่อมีทายาทสืบสกุลอย่างสมบูรณ์

ขงจื๊อเดิมชื่อว่า ชิว（丘）ชื่อรอง จ้งหนี（仲尼） เป็นชาวเมือง โจวอี้（陬义）ในแคว้นหลู่ปัจจุบันคือเมือง ชวีฟู่（曲阜）ในมณฑล ซานตง（山东）ท่านเกิดในสมัยชุนชิว（春秋）เมื่อ 551 ปีก่อนคริสตกาล ถึงแก่กรรมเมื่อ 479 ปีก่อนคริสตกาล สิริอายุ 73 ปี

ใน ‘บันทึกประวัติศาตร์สื่อจี้ บทตระกูลขงจื๊อ’ <<史记，孔子世家>>ได้บันทึกไว้ว่า ขงจื๊อสูงประมาณ 2 เมตร เรียกได้ว่าเป็น ‘ผู้สูงใหญ่’ อย่างแท้จริง ตามคำร่ำลือกำลังแขนของขงจื๊อแข็งแรงยิ่งนัก คุณลักษณะทางกายภาพเหล่านี้ ขงจื๊อได้รับถ่ายทอดจากผู้เป็นบิดาซึ่งไม่ตรงกับภาพลักษณ์ที่คนรุ่นหลังกล่าวกันว่า ขงจื๊อเป็นปัญญาชนที่ร่างกายอ่อนแอ เพราะท่านชำนาญทั้งเกาทัณฑ์และขี่ม้า นอกจากนี้ ความสามารถในการดื่มสุราก็เหนือกว่าใคร

เมื่อขงจื๊ออายุได้ 3 ขวบ บิดาก็เสียชีวิต เหยียนเจิงไจ้ทนการกดขี่ของภรรยาหลวงไม่ไหว จึงพาบุตรชายสองคนไปใช้ชีวิตตามลำพัง นางอบรมเลี้ยงดูบุตรทั้งสองอย่างดี ให้ความสำคัญกับการศึกษาหาความรู้ โดยได้รับความช่วยเหลือจากบิดาของนาง มารดาและผู้เป็นตาจึงเป็นผู้ปลูกฝังความใฝ่รู้ให้กับขงจื๊อตั้งแต่ยังเยาว์วัย สิ่งที่ขงจื๊อเล่าเรียนในขณะนั้นคือ จารีต ประเพณี ธรรมเนียมปฏิบัติ และพิธีกรรมของชนชั้นสูงและผู้มีฐานะในสังคมสมัยราชวงศ์โจว เมื่อขงจื๊ออายุ 15 ปี ก็ตั้งปณิธานใฝ่ศึกษาศิลปวิชาแขนงต่าง ๆ ดังที่มีบันทึกในหนังสือ ‘วาทะวิจารณ์ของขงจื๊อ’ <<论语>> ว่า “ข้าอายุ 15 ก็ตั้งมั่นในการศึกษา” （吾十有五而志于学）

พออายุ 17 ผู้เป็นมารดาจากไป ขงจื๊อเลี้ยงชีพด้วยการเป็นข้าราชการชั้นผู้น้อยในแคว้นหลู่ ทำหน้าที่เป็นเจ้าพนักงานดูแลคลังเสบียงและเจ้าหน้าที่ปศุสัตว์ ตามลำดับ นอกจากนี้ จวนขุนนางหรือคหบดีคนใดมีงานมงคลหรืออวมงคล ก็จะไปเป็นผู้ทำพิธีกรรมให้ ด้วยอุปนิสัยที่ใฝ่รู้ท่านจึงมุ่งมานะหมั่นศึกษามาโดยตลอด อายุ 20 กว่าก็สนใจเกี่ยวกับการเมืองการปกครอง มักถกปัญหาและให้ข้อคิดเห็นเกี่ยวกับบ้านเมืองแก่บรรดานักปกครอง จนได้รับการยกย่องให้เป็น ‘ผู้รอบรู้และสันทัดในนิติธรรมเนียม(礼)’ ดังเช่น ครั้นเมื่อเจ้าผู้ครองแคว้นฉี พระนามว่า ‘ฉีจิ่งกง’ (齐景公) เดินทางมาเยือนแคว้นหลู่ พร้อมกับเสนาบดีผู้กระเดื่องนามในประวัติศาตร์นามว่า ‘เยี่ยนอิง’（晏婴）ทั้งสองได้เชิญขงจื๊อเข้าพบและแลกเปลี่ยนความคิดเห็นเกี่ยวกับสถานการณ์บ้านเมือง

ขงจื๊อถนัดในการศึกษาเรียนรู้ข้อดีของคนอื่น ดังที่ได้กล่าวไว้ว่า “สามคนร่วมเดิน จักต้องมีอาจารย์ของเราเป็นแน่ จงเลือกที่ดีเพื่อเอาอย่าง ส่วนที่ไม่ดีก็จงนำมาแก้ไขปรับปรุงตน”（三人行，必有一师焉。择其善者而从之，其不善者而改之）และยังเห็นว่า “ผู้มีความรู้ต้องพร้อมด้วยวรยุทธ์ ผุ้มีวรยุทธ์ต้องพร้อมด้วยความรู้”（有文事者必有武备，有武事者必有文备）ซึ่งก็ต้องเป็นผุ้รอบรู้นั่นเอง ความขยันหมั่นเพียรศึกษาเล่าเรียนตั้งแต่เยาว์วัย เป็นการสั่งสมความรู้ความสามารถสำหรับการสร้างระบบแนวคิด และปูพื้นฐานที่มั่นคงในการถ่ายทอดความรู้แก่ลูกศินย์ ทำให้ขงจื๊อเป็นผู้รอบรู้ในยุคสมัยนั้นและมีผู้มาฝากตัวเป็นศินย์เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ

ครั้นอายุ 35 แคว้นหลู่เกิดศึกการเมืองภายในจากการแย่งชิงอำนาจกันเองของผู้ปกครอง ขงจื๊อจึงเดินทางไปยังแคว้นฉีด้วยความคาดหวังว่า เจ้าผุ้ปกครองแคว้นฉีจะสนใจแนวคิดการปกครองของตน แต่ต้องผิดหวังที่เจ้าผู้ปกครองแคว้นไม่ได้ให้ความสำคัญเท่าที่ควร ทั้งยังมีขุนนางคอยกลั่นแกล้งและกีดกัน ท่านจึงกลับมายังแคว้นหลู่หลังจากที่อยู่แคว้นฉีได้ราวหนึ่งปี และดำเนินชีวิตเป็นครูผู้ประสิทธิ์ประสาทวิชาให้แก่บรรดาสานุศินย์ทั้งหลาย

ขงจื๊อในวัย 51-54 ปีใช้ชีวิตวัยกลางคนคลุกคลีกับการปกครองบ้านเมืองอย่างเต็มตัว ด้วยการดูแลท้องที่เล็ก ๆ แห่งหนึ่งจากนั้นไม่นานก็ได้เป็นผู้คุมการโยธา และผู้ดูแลกฎหมายและการลงทัณฑ์ของแคว้นหลู่ ตามลำดับ ท่านทุ่มเทกับงานและปรารถนาให้มีการปกครองที่ดี บ้านเมืองสงบสุข แต่ต้องผิดหวังกับการเมืองภายในแคว้น จึงได้ลาออกและเดินทางเยือนแว่นแคว้นต่าง ๆ เผยแพร่แนวความคิดทางการปกครอง ด้วยความคาดหวังให้บรรดาผู้ปกครองยึดหลักธรรมในการบริหารบ้านเมือง สังคมเป็นระเบียบแบบแผนและสงบสุข แม้จะรู้ว่าเป้นไปได้ยากในสภาพบ้านเมืองเวลา 14 ปี จนกระทั่งอายุได้ 67 ปี จึงเดินทางกลับแคว้นหลู่ และเสียชีวิตเมื่ออายุ 73 ปี

ตลอดระยะเวลาสิบกว่าปีที่เดินทางเยือนผู้ปกครองของแว่นแคว้นต่าง ๆ เพื่อแนะแนวทางการบริหารบ้านเมือง ขงจื๊อประสบกับอุปสรรคนานัปการ ไม่ว่าจะถูกดูหมิ่นเหยียดหยาม ใส่ร้ายป้ายสี ปองร้าย ควบคุมตัว และแนวความคิดก็ไม่เป็นที่ยอมรับ เนื่องจากสวนทางกับสภาพบ้านเมืองและสังคมในขณะนั้นที่เจ้าครองแคว้นต่างคำนึงถึงผลประโยชน์ความอยู่รอดของแคว้นตน แต่ท่านก็ไม่ลดละความมุ่งมั่นและความกระตือรือร้นที่ต้องการมีส่วนร่วมสร้างสังคมที่ดี ยินดีที่จะอุทิศตนเพื่อประชาชน ท่านกล่าวว่า “ผู้มีปณิธานและมนุษยธรรมจะไม่ทำลายมนุษยธรรมเพียงเพื่อแลกกับการมีชีวิต จะมีแต่อุทิศชีวิตตนเพื่อให้บรรลุมนุษยธรรม”