งานย้อนหลังมีข้อเสียเมื่อเทียบกับงานตามแผนที่สำคัญรวมทั้ง

• ค่าทางสถิติบางอย่างไม่สามารถวัดได้ และอาจจะเกิดความเอนเอียงอย่างมีนัยสำคัญ ในการเลือกกลุ่มควบคุม[7]
• ความเอนเอียงอย่างอื่น ๆ สามารถมีผลต่อการระลึกข้อมูลการได้รับปัจจัยความเสี่ยงที่เป็นประเด็นการศึกษา ที่ตรงกับความจริง[7] ความเอนเอียงรวมทั้ง ความเอนเอียงโดยการคัดเลือก (selection bias) และ information bias (การวัดค่าผิดจากความจริง) ที่เกิดเพราะทำการย้อนหลัง[10]
• ลำดับเวลาที่ได้รับปัจจัยกับการเกิดของโรค บ่อยครั้งยากที่จะประเมิน[8]
• ผู้วิจัยไม่สามารถควบคุมการประเมินค่าการรับปัจจัย (exposure) และผลที่เกิดขึ้น แต่ต้องอาศัยผู้อื่นในการวัดและการบันทึกค่าที่ถูกต้อง[8] ซึ่งอาจจะเป็นปัญหาที่สำคัญ เพราะอาจเป็นเรื่องยากที่จะทำการเปรียบเทียบที่ถูกต้อง ระหว่างการได้รับปัจจัยกับการไม่ได้รับ[8]
• งานย้อนหลังอาจจะต้องมีตัวอย่างมาก ในการศึกษาผลที่หายาก[8]