หลังจากพระโคตมพุทธเจ้าเสด็จดับขันธปรินิพพานได้ 3 เดือน พระสาวกผู้ได้เคยสดับสั่งสอนของพระองค์จำนวน 500 รูป ก็ประชุมทำสังคายนาครั้งแรก ณ ถ้ำสัตบรรณคูหา ใกล้เมืองราชคฤห์ แคว้นมคธ ใช้เวลาสอบทานอยู่ 7 เดือน จึงประมวลคำสอนของพระพุทธเจ้าได้สำเร็จเป็นครั้งแรก นับเป็นบ่อเกิดของคัมภีร์พระไตรปิฎก คำสอนที่ลงมติกันไว้ในครั้งปฐมสังคายนาและได้นับถือกันสืบมา เรียกว่า เถรวาท แปลว่า คำสอนที่วางไว้เป็นหลักการโดยพระเถระ คำว่า เถระ ในที่นี้ หมายถึงพระเถระผู้ประชุมทำสังคายนาครั้งแรก และพระพุทธศาสนาซึ่งถือตามหลักที่ได้สังคายนาครั้งแรกดังกล่าว เรียกว่า นิกายเถรวาท อันหมายถึง คณะสงฆ์กลุ่มที่ยึดคำสั่งสอนของพระพุทธเจ้า ทั้งถ้อยคำ และเนื้อความที่ท่านสังคายนาไว้โดยเคร่งครัด ตลอดจนรักษาแม้แต่ตัวภาษาดั้งเดิมคือภาษาบาลี[1]

ในกาลต่อมาต่อมาเมื่อมีปัญหาขัดแย้ง พระเถระผู้ใหญ่ก็ประชุมขจัดข้อขัดแย้งกัน เกิดการสังคายนาต่อมาอีกหลายครั้ง จนได้พระไตรปิฎกของฝ่ายเถรวาทดังที่เรารู้จักกันทุกวันนี้ ซึ่งถือกันทั่วไปว่าเป็นคำสอนโดยตรงของพระพุทธเจ้าที่นับว่าใกล้เคียงที่สุด อย่างไรก็ตาม การสังคายนาแต่ละครั้งแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างทางความคิดในหมู่สงฆ์ จนก่อให้เกิดการแยกฝ่ายที่มีความคิดเห็นไม่ลงรอยกันในส่วนหลักธรรมและข้อวัตรปฏิบัติ

กล่าวกันว่า มูลเหตุของการแยกนิกายในพุทธศาสนามาจากในคราวใกล้เสด็จดับขันธปรินิพพาน พระพุทธเจ้าได้ตรัสกับพระอานนท์ว่า “ดูกรอานนท์ โดยกาลล่วงไปแห่งเรา ถ้าสงฆ์ต้องการก็จงถอนสิกขาบทเล็กน้อยเสียบ้างก็ได้” (มหาปรินิพพานสูตร 10/141) พุทธดำรัสดังกล่าวไม่ชัดเจนเพียงพอ ทำให้เกิดมีปัญหาในการตีความว่า สิกขาบทไหนเรียกว่าเล็กน้อย เป็นเหตุให้พระภิกษุบางรูปไม่เห็นด้วย และไม่ยอมรับสังคายนามาตั้งแต่ครั้งแรก และเหตุการณ์เช่นนี้เกิดขึ้นกับการสังคายนาครั้งหลังๆ อีกหลายครั้ง เป็นเหตุให้มีกลุ่มที่แยกตัวทำสังคายนาต่างหาก เป็นการแตกแยกทางลัทธิและนิกาย แต่ก็มิได้ถือว่าเป็นการแบ่งแยกศาสนาแต่ประการใด

หลังจากพระพุทธองค์ปรินิพพานได้ 100 ปี อันเป็นช่วงเวลาที่มีการสังคายนาครั้งที่ 2 ได้มีคณะสงฆ์กลุ่มหนึ่งเรียกว่า มหาสังฆิกะ ซึ่งมีจำนวนมาก ได้แยกตนออกไปต่างหากจากกลุ่มเถรวาทเดิม การแยกตัวของมหาสังฆิกะนี้มีมูลเหตุจากความเห็นที่แตกต่างเรื่องหลักปฏิบัติของภิกษุ หลังจากนั้นมหาสังฆิกะได้แยกกลุ่มนิกายย่อยออกไปอีก 18 นิกาย เนื่องจากมีทัศนะ อุดมคติ การตีความหลักธรรม และวัตรปฏิบัติที่แตกต่างกัน หลังจากนั้นภิกษุบางรูปในนิกายทั้ง 18 นี้ ได้แยกตนออกมาตั้งคณะใหม่โดยถือปรัชญาและหลักจริยวัตรของตน กระทั่งในราวพุทธศตวรรษที่ 5 จึงได้เกิดกลุ่มคณะสงฆ์และคฤหัสถ์ที่เรียกตนเองว่า "มหายาน" ขึ้น แม้จะมีที่มาไม่แน่ชัด แต่สันนิษฐานได้ว่าพัฒนาจากนิกายมหาสังฆิกะ ผสมผสานกับปรัชญาของนิกายพุทธศาสนาอื่นทั้ง 18 นิกาย รวมทั้งนิกายเถรวาทด้วย ก่อกำเนิดเป็นลัทธิมหายาน

แม้ไม่อาจกำหนดให้แน่ชัดลงไปได้ว่า พระพุทธศาสนานิกายมหายานเริ่มถือกำเนิดขึ้นตั้งแต่เมื่อใด แต่ที่แน่ชัดคือ พระเจ้ากนิษกะมหาราช กษัตริย์องค์ที่ 7 แห่งราชวงศ์กุษาณะ (ศตวรรษที่ 1 แห่งคริสต์ศักราช) ทรงเป็นเอกอัครศาสนูปถัมภกพระองค์แรกของนิกายมหายาน ได้ทรงปลูกฝังพระพุทธศาสนามหายานอย่างมั่นคงในราชอาณาจักรของพระองค์ และทรงส่งธรรมทูตออกเผยแพร่ยังนานาประเทศ เปรียบได้กับพระเจ้าอโศกมหาราชของฝ่ายเถรวาท