เมื่อได้รับการพิทักษ์จากสเปนผู้เป็นคู่แข่งโดยสนธิสัญญาทอร์เดสซิลลาส โปรตุเกสก็ดำเนินการสำรวจและการยึดอาณานิคมต่อไป และเป็นชาติตะวันตกชาติแรกที่เดินทางไปถึงและติดต่อค้าขายกับญี่ปุ่น ในรัชสมัยของพระเจ้ามานูเอลที่ 1 ราชบัลลังก์โปรตุเกสก็ดำเนินโครงการที่จะควบคุมดินแดนและเส้นทางการค้าขายที่พบมา ยุทธวิธีของแผนการนี้คือการสร้างป้อมตามเมืองท่ารายทางเพื่อที่จะใช้ในการควบคุมเส้นทางการค้าขายหลักทางตะวันออก ฉะนั้นป้อมและอาณานิคมจึงได้รับการก่อตั้งขึ้นบนอาณานิคมโกลด์โคสต์ (Colony of Gold Coast) ลูอันดา โมซัมบิก แซนซิบาร์ มอมบาซา โซโคทรา ออร์มุซ โกลกาตา รัฐกัว บอมเบย์ รัฐมะละกา มาเก๊า และ เกาะติมอร์

แต่โปรตุเกสมีปัญหาในการขยายจักรวรรดิลึกจากฝั่งทะเลเข้าไปในแผ่นดินที่พบ ส่วนใหญ่ก็มุ่งมั่นอยู่แต่กับการสร้างเสริมบริเวณชายทะเล โปรตุเกสเป็นราชอาณาจักรมีขนาดเล็กเกินกว่าที่จะมีกำลังคนหรืองบประมาณพอที่จะบริหารและป้องกันอาณานิคมและเส้นทางการค้าต่าง ๆ ที่ได้มาอย่างมีประสิทธิภาพ ป้อมที่ตั้งอยู่ในบริเวณต่าง ๆ ทั่วโลกส่วนใหญ่แล้วก็ไม่มีกำลังคนที่จะรักษาและไม่มีอาวุธพอเพียง โปรตุเกสจึงไม่สามารถที่จะแข่งขันกับมหาอำนาจที่แข็งแกร่งกว่าที่เริ่มขยายอำนาจเข้ามาในเส้นทางการค้าของตนเองได้ วันแห่งความมีเอกสิทธิ์ในการค้าขายกับตะวันออกก็เริ่มจะนับวันได้ ในปี ค.ศ. 1580 พระเจ้าฟิลิปที่ 2 แห่งสเปนก็กลายเป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสด้วย พระองค์ทรงเป็นทายาทที่ถูกต้องของลูกพี่ลูกน้องของพระองค์พระเจ้าเซบาสเตียนแห่งโปรตุเกสผู้เสด็จสวรรคตโดยไม่มีรัชทายาท (พระเจ้าฟิลิปที่ 2 เป็นพระราชนัดดาของพระเจ้ามานูเอลที่ 1) แต่การรวมสองจักรวรรดิอันใหญ่หลวงก็ไม่อาจจะเกิดขึ้นได้โดยปราศจากผู้ท้วงติง นักสำรวจฝ่ายดัตช์ ฝรั่งเศส และอังกฤษก็หันหลังให้กับ “พระบัญญัติแบ่งโลก” (Inter caetera) ซึ่งเป็นพระบัญญัติที่ออกโดยสมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 6 ระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ 17 ที่มอบสิทธิในการเป็นเจ้าของดินแดนที่พบให้แก่สเปน การก่อตั้งสถานีการค้าเพิ่มขึ้นโดยดัตช์ ฝรั่งเศส และอังกฤษทางตะวันออกก็ทำให้ประเทศเหล่านั้นมั่งคั่งขึ้น ขณะเดียวกันโปรตุเกสก็เริ่มอ่อนแอลงจากการสูญเสียสถานีการค้าและอาณานิคมในแอฟริกาตะวันตก ตะวันออกกลาง และ ตะวันออกไกล บอมเบย์ถูกยกให้เป็นของขวัญการเสกสมรสของเจ้าหญิงโปรตุเกสกับพระมหากษัตริย์อังกฤษ ดินแดนอื่นเช่นมาเก๊า เกาะติมอร์ รัฐกัว และ โมซัมบิกยังคงอยู่ในความครอบครองของโปรตุเกส ขณะที่บราซิลและแองโกลากู้คืนมาได้จากดัตช์