จีโนมของไวรัส NeoCoV มีความยาวประมาณ 30,000 นิวคลีโอไทด์ ประกอบด้วยส่วน open reading frame (ORF) 1a และ 1b, ส่วนสร้างโปรตีนหนาม (S), โปรตีนเมมเบรน (M), โปรตีนเยื่อหุ้มชั้นนอก (E), โปรตีนแคปซิด (N) และโปรตีนโครงสร้างอีกสี่ชนิด และส่วน ORF อีกห้าเฟรมคือ 3, 4a, 4b, 5 และ 8b ซึ่งเป็นส่วนในการสร้างโปรตีนเสริม[3]

แม้ว่าไวรัสโคโรนาในค้างคาวท้องสีน้ำตาลซูลูจะมีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่สุดกับไวรัส MERS-CoV แต่ลำดับ S1 ในโปรตีนหนาม (spike) ค่อนข้างแตกต่างจาก MERS-CoV แต่มีความใกล้เคียงกับไวรัสโคโรนาในเฮดจ์ฮอก ผู้เชี่ยวชาญบางคนเชื่อว่าอาจเป็นการรวมตัวใหม่ทางพันธุกรรมของไวรัสโคโรนาในเฮดจ์ฮอกแอฟริกาและไวรัสโคโรนาในค้างคาว[3]