ในเวอร์ชันแรกๆได้มีการพัฒนา โดยจะมีโมดูลในส่วนของเว็บเมลล์ ต่อมาได้พบรูโหว่เนื่องจากว่าเป็นหนทางที่ดีสำหรับแฮ็คเกอร์ จึงได้เปลี่ยนโดยการลบโมดุลนี้ออกไป และได้มีการนำ PHP-Nuke ไปใช้ซอฟต์แวร์ฟรีอย่าง phpBB โดยได้นำมาเป็นกระดานข่าวสำหรับ PHP-Nuke และยังมีอีกหลายซอฟต์แวร์ CMS ที่ได้ใช้ PHP-Nuke เวอร์ชันก่อนๆ มาดัดแปลง เช่น

• Dragonfly CMS — สร้างมาจาก PHP-Nuke เวอร์ชัน 6.5 พร้อมด้วยโมดูลอัลบัมรูปภาพ
• Nuke-Evolution — สร้างมาจาก PHP-Nuke โดยได้เพิ่มระบบรักษาความปลอดภัย
• myPHPNuke —สร้างมาจาก PHP-Nuke เวอร์ชัน 4.4.1a
• NPDS — สร้างมาจาก PHP-Nuke เวอร์ชัน 4.3
• openPHPNuke — สร้างมาจาก myPHPNuke (เวอร์ชัน 4.4.1a)
• Postnuke — สร้างมาจาก PHP-Nuke เวอร์ชัน 5.0
• XOOPS — สร้างมาจาก PHP-Nuke เวอร์ชัน 4.4.1a
• Xaraya — สร้างมาจาก PHP-Nuke เวอร์ชัน 5.0
• UNITED-NUKE — สร้างมาจาก PHP-Nuke โดยได้เพิ่มความสมบูรณ์เข้าไป
• nCo Modified PHP-Nuke Ultra — สร้างจากทุกส่วนของ PHP-Nuke