ในช่วงยุค 1960 ช่วงเวลาที่สงครามเย็นกำลังดุเดือด เมื่อความขัดแย้งระหว่างอเมริกาและสหภาพโซเวียตได้คุกคามเพิ่มขึ้นทั่วโลก ไปพร้อม ๆ กับที่โลกค้นพบว่ามีมนุษย์กลายพันธุ์อยู่ ในเวลาเดียวกันนี้เอง ก่อนที่ชาร์ลส ซาเวียร์ (รับบทโดย เจมส์ แม็กอะวอย) และ อีริค แลนเชอร์ (รับบทโดย มิชชาเอล ฟาสเบ็นเดอร์) จะได้ฉายา ศาสตราจารย์ เอ็กซ์  และ แมกนีโต้ พวกเขายังเป็นแค่ชายหนุ่มเพื่อนรักที่เพิ่งค้นพบพลังในตัวเอง และร่วมมือกับมนุษย์กลายพันธุ์รุ่นเยาว์กลุ่มหนึ่ง ในการหยุดยั้งไม่ให้โลกเดินหน้าสู่สงครามโลกครั้งที่สาม