X-เม็น อะพอคคาลิปส์ มีเค้าโครงมาจากหนังสือการ์ตูนคอมิคเรื่อง Age of Apocalypse ซึ่งตีพิมพ์อยู่ในช่วง 1995-1996 ภายใต้X-เม็น แฟรนไชส์ โดยมีเนื้อเรื่องเริ่มเมื่อ เดวิล ฮอลเลอร์หรือลีเจี้ยน มนุษย์ผู้มีพลังจิตย้อนเวลามายังอดีตเพื่อสังหารแมกนีโต้ แต่เขากลับพลาดท่าไปสังหารศาสตราจารย์เอ็กซ์พ่อของเขาแทนทำให้ไทมไลน์เวลาเสียหาย ทำให้สิบปีต่อมาอะพอคาลิปส์ได้เดินทางมายึดครองโลกและควบคุมทุกอย่างแทน