สุลต่านอาหมัดทายุดดินฮาลิมชาฮ์ (Ahmad Tajuddin Halim Shah) แห่งไทรบุรี หรือตวนกูปะแงหรัน (Tunku Pengeran) แข็งเมืองไม่ขึ้นต่อสยามและหันไปสร้างสัมพันธไมตรีกับฝ่ายพม่า[1] พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยจึงมีพระราชโองการให้พระยานครศรีธรรมราช (น้อย) นำทัพเข้ายึดไทรบุรีใน พ.ศ. 2364 เมื่อพระยานครฯ (น้อย) เข้ายึดไทรบุรีแล้ว สุลต่านตวนกูปะแงหรันเดินทางหลบหนีไปยังเกาะปีนัง ซึ่งอยู่ภายใต้การปกครองของอังกฤษ (ไทรบุรีได้มอบเกาะปีนังให้แก่อังกฤษตั้งแต่ พ.ศ. 2329) ฝ่ายสยามผนวกไทรบุรีเข้ามาปกครองโดยตรงขึ้นกับเมืองนครศรีธรรมราช พระภักดีบริรักษ์ (แสง) บุตรชายของเจ้าพระยานครฯ (น้อย) ได้เป็นเจ้าเมืองไทรบุรีแทน ได้รับการแต่งตั้งเป็นพระยาอภัยธิเบศร์เจ้าเมืองไทรบุรี หลังจากที่สยามเข้ายึดเมืองไทรบุรีแล้ว มีชาวมลายูไทรบุรีจำนวนมากรวมทั้งเชื้อวงศ์ของอดีตสุลต่านตวนกูปะแงหรันหลบหนีไปยังเกาะลังกาวี[2] ในปีต่อมา พ.ศ. 2365 เจ้าพระยานครฯ (น้อย) ยกทัพเรือเข้าโจมตีและยึดเกาะลังกาวีได้สำเร็จ[2] หวันมูฮาหมัดอาลี (Wan Muhammad Ali) ผู้เป็นบุตรชายของผู้ปกครองเกาะลังกาวี หลบหนีจากเกาะลังกาวีไปยังหมู่เกาะมะริดและตะนาวศรี[2] ในขณะที่ตนกูมูฮาหมัดซาอัด (Tunku Muhammad Sa'ad) หลานชายของอดีตสุลต่านตวนกูปะแงหรันหลบหนีไปยังแขวงเมืองอาเจะฮ์เกาะสุมาตรา[2]

สนธิสัญญาเบอร์นี (Burney Treaty) ระหว่างสยามและอังกฤษในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2369 อังกฤษยอมรับอำนาจของสยามเหนือไทรบุรี โดยมีข้อแลกเปลี่ยนให้สยามงดเว้นการรุกรานรัฐเปรักและเซอลาโงร์ ตามสัญญาข้อที่สิบสาม อังกฤษให้สัญญาเรื่องการวางตัวเป็นกลางในความขัดแย้งระหว่างสยามและไทรบุรี สัญญาว่าจะนำตัวอดีตสุลต่านตวนกูปะแงหรันออกจากเกาะปีนังไปพำนักที่อื่น และจะไม่ให้การสนับสนุนแก่กองกำลังของอดีตสุลต่านแห่งไทรบุรีในการกบฏต่อสยาม แม้ว่าอังกฤษจะให้สัญญาเช่นนี้แล้ว แต่เกาะปีนังและทะเลอันดามันยังคงเป็นแหล่งของผู้ที่สนับสนุนอดีตสุลต่านในการกอบกู้รัฐไทรบุรี[3]

ใน พ.ศ. 2374 รัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ตนกูกูเด่น (Tunku Kudin) ผู้เป็นบุตรของพี่ชายของอดีตสุลต่านตวนกูปะแงหรัน ยกทัพทางบกจากโปรวินซ์เวลส์เลย์เข้ายึดเมืองอาโลร์เซอตาร์เมืองหลวงของไทรบุรีได้สำเร็จ พระยาอภัยธิเบศร์ (แสง) เจ้าเมืองไทรบุรีหลบหนีมาอยู่ที่พัทลุง ฝ่ายหัวเมืองปัตตานีห้าหัวเมืองจากเจ็ดหัวเมืองนำโดยต่วนสุหลง (Tuan Sulong) เจ้าเมืองปัตตานี เมื่อถูกเกณฑ์กำลังพลไปสู้รบกับไทรบุรีจึงก่อการกบฏขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนจากรัฐกลันตันและรัฐตรังกานู เจ้าพระยานครฯ (น้อย) สามารถยึดเมืองอาโลร์เซอตาร์คืนมาได้ตนกูกูเด่นฆ่าตัวตาย และเจ้าพระยาพระคลัง (ดิศ บุนนาค) เข้ายึดเมืองปัตตานีได้ หลังจากการกบฏหัวเมืองมลายูใน พ.ศ. 2375 ทางฝ่ายอังกฤษจึงบังคับให้อดีตสุลต่านตวนกูปะแงหรันย้ายจากเกาะปียังไปพำนักที่เมืองมะละกา

ใน พ.ศ. 2380 กรมสมเด็จพระศรีสุลาลัยสิ้นพระชนม์ บรรดาเจ้าเมืองข้าราชการกรมการต่างๆในหัวเมืองภาคใต้รวมทั้งเจ้าพระยานครฯ (น้อย) และพระยาสงขลา (เถี้ยนเส้ง) ต่างอยู่ที่กรุงเทพฯเพื่อร่วมพระราชพิธี โดยมีพระวิชิตสรไกร (กล่อม) และพระสุนทรนุรักษ์ (บุญสัง) เป็นผู้รักษาเมืองนครศรีธรรมราชและสงขลาตามลำดับ กลุ่มผู้สนับสนุนอดีตสุลต่านตวนกูปะแงหรันจึงอาศัยโอกาสนี้ในการกอบกู้รัฐไทรบุรี หวันมูอาหมัดอาลีบุตรของผู้ครองเกาะลังกาวี หรือหวันหมาดหลี หรือหวันมาลี (Wan Mali) ได้ตั้งตนขึ้นเป็นโจรสลัดในทะเลอันดามันประกอบด้วยกองกำลังของขาวมลายูและชาวอูรักลาโว้ย โดยมีฐานที่มั่นอยู่ที่เกาะยาวในแขวงเมืองถลาง รายละเอียดเกี่ยวกับการจัดเตรียมทัพฝ่ายไทรบุรีปรากฏในบันทึกของนายเชอราร์ด ออสบอร์น (Sherard Osborn) แม่ทัพเรือชาวอังกฤษผู้นำเรือเข้าล้อมเมืองไทรบุรี ในหนังสือชื่อเรื่องว่า The Blockade of Kedah in 1838: A Midshipman’s Exploits in Malayan Waters[4] ตีพิมพ์เมื่อ พ.ศ. 2400 ตนกูมูฮาหมัดซาอัดซึ่งได้หลบหนีไปยังแขวงเมืองอาเจะฮ์ได้จัดตั้งกองกำลังขึ้นอย่างเป็นความลับที่บาตูปูเตะ (Batu Puteh) บนเกาะสุมาตราใกล้กับเมืองอาเจะฮ์ ประกอบด้วยกำลังพล 2,000 คน[4]และเรือ 40 ลำ โดยได้รับความช่วยเหลือทางทางอาวุธยุทโปกรณ์จากชาวมลายูและพ่อค้าชาวอังกฤษบนเกาะปีนังซึ่งให้การสนับสนุนแก่อดีตสุลต่าน