เหตุการณ์ความรุนแรงในสามจังหวัดภาคใต้ซึ่งประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวมุสลิม เริ่มขึ้นในเดือนมกราคม 2547 เมื่อสมาชิกของกลุ่มมุสลิมติดอาวุธได้โจมตีที่ตั้งแห่งหนึ่งของกองทัพ รัฐบาลทักษิณ ชินวัตร ประกาศขยายการใช้กฎอัยการศึกจากเดิมที่มีประกาศอยู่แล้วในบางพื้นที่ของจังหวัดนราธิวาส ยะลา และปัตตานี[3] โดยวันที่ 28 เมษายน 2547 น่าจะถูกจงใจกำหนดให้ตรงกับ วันที่ 28 เมษายน 2491 อันเป็นวันเกิดของเหตุการณ์ที่ภาษาอำนาจรัฐส่วนกลางเรียกว่า กบฏดุซงญอ แต่ชาวปัตตานีเรียกว่า สงครามโต๊ะเปรัก-ดุซงยอ และนักประวัติศาสตร์มาเลเซียบางคนเรียกว่า เคบังอีตัน แปลว่า การลุกขึ้นสู้ อีกด้วย เนื่องจาก สภ.อ.ตากใบ มีสภาพพื้นที่เป็น จุดอับและทางตัน ฝ่ายขบวนผู้ก่อการจึงไม่ควรอย่างยิ่งที่จะมียุทธศาสตร์ระดมมวลชนเข้าไปชุมนุมด้วยท่าทีแข็งกร้าวและยั่วยุ เพราะเท่ากับเจตนาจงใจส่งคนไปตายที่ตากใบ[4]

ก่อนหน้านี้ ตั้งแต่วันที่ 26 เมษายน 2547 เมื่อปรากฏมีกลุ่มคนที่เชื่อว่าเป็นบุคคลระดับแกนนำในการก่อเหตุความไม่สงบในพื้นที่ 3จังหวัดชายแดนภาคใต้จำนวน 30 คน ได้เดินทางเข้าไปในพื้นที่ควนโนรี อำเภอโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี จากนั้นเวลา 04.50 น.ของเช้าตรู่วันที่ 28 เม.ย. 2547 ได้มีกลุ่มก่อความไม่สงบได้เริ่มปฏิบัติการตามแผน ด้วยการใช้อาวุธสงครามยิงถล่มป้อมจุดตรวจกรือเซะ ที่ตั้งอยู่บริเวณ ถ.สายปัตตานี-นราธิวาส ม.3 ต.ตันหยงลุโละ อ.เมืองปัตตานี จนทำให้เจ้าหน้าตำรวจคอมมานโด กองปราบปราม จำนวน 4 นายเข้าเวรประจำการทั้งหมดถูกยิงได้รับบาดเจ็บ[5]

จึงได้เกิดการปะทะกันด้วยอาวุธสงคราม ก่อนที่กลุ่มก่อความไม่สงบ จะต้านทานกำลังของเจ้าหน้าที่ไม่ไหว จึงได้ล่าถอยเข้าไปหลบซ่อนตัวในมัสยิดกรือเซะ ที่ตั้งห่างจากจุดปะทะเพียง 200 เมตร เจ้าหน้าที่จึงได้เรียกกำลังเสริมปิดล้อมและตรึงกำลังไว้รอบมัสยิดควบคู่ไปกับการเจรจาและเกลี้ยกล่อม กลุ่มผู้ก่อเหตุเข้าหลบซ่อนในมัสยิดกรือเซะมีการยิงสวนออกมา และมีการตอบโต้กันเป็นระยะ ๆ เจ้าหน้าที่หน่วยรบพิเศษเริ่มยิงแก๊สน้ำตาเข้าไปภายในมัสยิดแต่ก็ไม่เป็นผล เนื่องจากยัง จนกระทั่ง 11.00 น. หน่วยรบพิเศษได้รับคำสั่งให้ใช้อาวุธหนัก ก่อนจะตัดสินใจใช้อาวุธหนักยิงถล่มเข้าไปในมัสยิด ปิดฉากการปะทะที่ใช้เวลาไปนานกว่า 9 ชั่วโมงท่ามกลางประชาชนประมาณ 2,000–3,000 คน ที่รวมตัวกันอยู่บริเวณดังกล่าว ซึ่งหลังสิ้นเสียงปืนเจ้าหน้าที่พบศพกลุ่มคนร้ายทั้งในและนอกอาคารมัสยิด 34 ศพ นอกจากการปะทะเดือดที่มัสยิดกรือเซะ อ.เมืองปัตตานีแล้ว ในวันและเวลาเดียวกัน กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบยังบุกโจมตีฐานที่มั่นของเจ้าหน้าที่ตำรวจ-ทหารตามจุดต่าง ๆ ในพื้นที่ไม่สงบของ 3 จังหวัดชายแดนใต้ ทำให้มีผู้เสียชีวิตรวมยอดสูงถึง 109 ศพ บาดเจ็บ 6 คน ถูกจับกุม 17 คน ขณะที่เจ้าหน้าที่เสียชีวิต 5 นาย บาดเจ็บ 15 นาย[6] กรณีดังกล่าวเกิดทั่ว 4 จังหวัดภาคใต้รู้จักกันว่าเป็นเหตุการณ์ที่มัสยิดกรือเซะ เนื่องจากมีผู้เสียชีวิตที่มัสยิดกรือเซะมากถึง 34 ศพ รวมเจ้าหน้าที่

ซึ่งรายงานของแอมเนสตีอินเทอร์เนชันแนลระบุว่าโดยมากมีอาวุธมีดและมีจำนวนเล็กน้อยที่มีอาวุธปืน ตำรวจ 5 นายเสียชีวิตในเหตุการณ์เหล่านี้ ส่วนผู้ก่อเหตุเสียชีวิตรวมมากกว่า 100 รายระหว่างการปะทะตอบโต้กับเจ้าหน้าที่[3]

หลังเหตุการณ์บุกสถานีตำรวจดังกล่าว ชายมุสลิมซึ่งส่วนใหญ่เป็นวัยรุ่น 32 คนถูกฆ่าด้วยอาวุธหนักโดยกองกำลังความมั่นคงในมัสยิดกรือเซะ มัสยิดที่สำคัญที่สุดแห่งหนึ่งในภูมิภาค[7][8] มีรายงานว่าคณะกรรมการสืบสวนหาความจริงที่รัฐบาลเป็นผู้แต่งตั้งพบว่ากองกำลังความมั่นคงได้ใช้กำลังตอบโต้ภัยคุกคามอย่างเกิดสัดส่วน อย่างไรก็ตามรายงานดังกล่าวไม่ได้ถูกเปิดเผยต่อสาธารณะ และไม่พบว่าได้มีการสืบสวนหาความจริงอย่างเป็นอิสระกับเหตุที่เกิดขึ้นกับสถานีตำรวจอีก 10 สถานีหรือไม่[3]

วันที่ 25 ตุลาคม 2547 ชาวมุสลิมกลุ่มหนึ่งได้ชุมนุมที่หน้าสถานีตำรวจตากใบ เนื่องจากไม่เห็นด้วยกับการคุมขังประชาชน 6 คนที่ถูกกล่าวหาว่ามอบอาวุธให้กับผู้ก่อความไม่สงบ เมื่อผู้ชุมนุมขว้างปาก้อนหินและพยายามจะบุกสถานีตำรวจ กองกำลังความมั่นคงได้ใช้แก๊สน้ำตาและยิงตอบโต้ มีผู้ชุมนุมเสียชีวิตอย่างน้อย 6 คน และถูกจับกุมประมาณ 1,300 คนก่อนจะถูกเคลื่อนย้ายไปยังฐานทัพแห่งหนึ่ง ที่ซึ่งคนจำนวนมากถูกทุบตี ในจำนวนคนที่ถูกจับกุมมีคนอย่างน้อยอีก 79 คนเสียชีวิต[3] การชันสูตรพบว่าเกิดจากการหายใจไม่ออก หมดสติกระทันหันจากความร้อน และการชัก ซึ่งน่าจะเกิดจากสภาพที่แอดอัดเกินไประหว่างการเดินทางและอยู่ในรถบรรทุกกว่า 6 ชั่วโมงและจากการถูกปฏิบัติอย่างไม่เหมาะสม[7] รวมแล้วเสียชีวิต 85 คน คนที่เหลือส่วนใหญ่หลังถูกสอบสวนแล้วก็ถูกปล่อยโดยไม่มีการแจ้งข้อกล่าวหา แต่มี 58 คนที่ถูกแจ้งข้อกล่าวหาว่ารวมตัวชุมนุมโดยผิดกฎหมาย รัฐบาลได้ตั้งคณะกรรมการ 11 คนเพื่อสืบสวนหาความจริง คณะกรรมการได้รายงานข้อค้นพบกับรัฐบาลในเดือนธันวาคม 2548 แต่ข้อค้นพบดังกล่าวไม่ได้ถูกเปิดเผยต่อสาธารณะ[3] โดยคณะกรรมการอิสระตรวจสอบข้อเท็จจริงสรุปว่า วิธีการสลายการชุมนุมที่ใช้กำลังติดอาวุธและใช้กระสุนจริง โดยเฉพาะใช้กำลังทหารเกณฑ์ และทหารพรานซึ่งมีวุฒิภาวะไม่สูงพอเข้าร่วมในการเข้าสลายการชุมนุมนั้น เป็นวิธีการที่ไม่เหมาะสม ไม่เป็นไปตามแบบแผน และวิธีปฏิบัติที่ใช้กันตามหลักสากล นอกจากนี้ คณะกรรมการดังกล่าว ยังพบว่า ผู้บังคับบัญชาที่เกี่ยวข้องละเลยไม่ควบคุมดูแลการลำเลียง และเคลื่อนย้ายผู้ชุมนุมประท้วงที่ถูกควบคุมตัวให้แล้วเสร็จ แต่ปล่อยให้เป็นหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ทหารระดับชั้นผู้น้อยที่มีข้อจำกัดด้านประสบการณ์ โดยแม่ทัพภาคที่ 4 รองแม่ทัพภาคที่ 4 (คนที่ 2) และผู้บัญชาการกองพลทหาราบที่ 5 ถูกระบุว่าปฏิบัติหน้าที่บกพร่อง ขาดความรับผิดชอบในฐานะที่เป็นผู้บังคับบัญชา[9]