ในปี พ.ศ. 2432 รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้รวมกรมที่เกี่ยวกับการศาสนา และการศึกษามาอยู่กรมเดียวกัน มีชื่อว่า "กรมธรรมการ" และได้รับการสถาปนาเป็น "กระทรวงธรรมการ" ในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2435

ในปี พ.ศ. 2462 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชดำริว่า "ราชการของกระทรวงธรรมการและกรมศึกษาธิการนั้นต่างชนิดกันทีเดียว ยากที่จะเจ้ากระทรวงผู้สามารถบัญชาการได้ดีทั้ง 2 กรม คงได้ทางหนึ่งเสียทางหนึ่ง" มีพระบรมราชประสงค์จะให้ราชการเป็นไปสะดวก ทั้งจะให้สมแก่ทรงเป็นพุทธศาสนูปถัมภกโดยตรง จึงมีพระบรมราชโองการให้ย้ายกรมธรรมการ มารวมอยู่ในพระราชสำนักตามประเพณีเดิม ส่วนกระทรวงธรรมการให้เรียก "กระทรวงศึกษาธิการ" มีหน้าที่จัดการศึกษา ในปี พ.ศ. 2469 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชดำริว่า "การศึกษาไม่ควรจะแยกจากวัด" และได้เปลี่ยนชื่อกระทรวงศึกษาธิการ เป็น กระทรวงธรรมการ โดยได้งานด้านพระศาสนามาไว้ในกระทรวงธรรมการ

ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล ได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรม พ.ศ. 2484 มีผลให้เปลี่ยนชื่อ กระทรวงธรรมการ เป็นกระทรวงศึกษาธิการ เปลี่ยนชื่อ กรมธรรมการเป็น "กรมสาสนา"[2]

ในปี พ.ศ. 2495 มีการจัดตั้งกระทรวงวัฒนธรรม และโอนกิจการของกรมการศาสนาเข้าไปสังกัด[3] ต่อมาในปี พ.ศ. 2501 จึงได้โอนกลับมาสังกัดกระทรวงศึกษาธิการตามเดิม[4] ส่วนงานวัฒนธรรมมีฐานะเป็นกอง สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ หลังจากการปฏิวัติในปี พ.ศ. 2515 กองวัฒนธรรม จึงโอนมาสังกัดกรมการศาสนา และในช่วงนี้ ซึ่งสถานการณ์โลกเข้าสู่ยุคสงครามเย็น กรมการศาสนาภายใต้การเป็นอธิบดีของพันเอกปิ่น มุทุกันต์มีบทบาทสำคัญอย่างยิ่งในการต่อต้านภัยคอมมิวนิสต์[5]

ในปี พ.ศ. 2522 ได้มีการจัดตั้ง "สำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ" สังกัดกระทรวงศึกษาธิการขึ้น กระทั่งการปฏิรูประบบราชการในปี พ.ศ. 2545 จึงมีการโอนกรมการศาสนา ไปสังกัดกระทรวงวัฒนธรรม[6] และมีการจัดตั้งสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรีอีกหน่วยงานหนึ่ง