รัฐบาลมีนโยบายปฏิรูประบบราชการ โดยยุบหน่วยงานที่กระจายอยู่ในหลายกระทรวง มาจัดตั้งกระทรวงและหน่วยงานระดับกรมขึ้นใหม่ เพื่อให้การดำเนินงานของภาครัฐมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น จึงมีการจัดตั้งสำนักงานกิจการสตรีและสถาบันครอบครัว เป็นส่วนราชการระดับกรมในสังกัดกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ ตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2545 มาตรา 17 และพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 พ.ศ. 2545 มาตรา 35 (1)

โดยมีกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานกิจการสตรีและสถาบันครอบครัว พ.ศ. 2545 ในการจัดตั้งสำนักงานนี้ มีการรวมภารกิจบางส่วนของหน่วยงาน 3 หน่วยงานเข้าด้วยกัน คือ

• คณะกรรมการส่งเสริมและประสานงานสตรีแห่งชาติ สำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี สำนักนายกรัฐมนตรี  
• กรมการพัฒนาชุมชน กระทรวงมหาดไทย
• กรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคม

ต่อมามีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรม (ฉบับที่ 14) พ.ศ. 2558[1] ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 6 มีนาคม 2558 ให้มีการปรับปรุงโครงสร้างส่วนราชการกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ โดยรวมงานด้านนโยบาย ด้านวิชาการ และด้านการปฏิบัติของกลุ่มเป้าหมายเดียวกันให้อยู่ส่วนราชการเดียวกันแบ่งเป็นหน่วยงานในสังกัดกระทรวง ประกอบด้วย

• สำนักงานปลัดกระทรวง
• กรมกิจการเด็กและเยาวชน
• กรมกิจการผู้สูงอายุ
• กรมกิจการสตรีและสถาบันครอบครัว
• กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ
• กรมส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการ

ซึ่งกรมกิจการสตรีและสถาบันครอบครัว ได้รับการโอนภารกิจที่เกี่ยวกับงานสตรี สำนักงานป้องกันและแก้ใขปัญหาการค้าหญิงและเด็ก สถานสงเคราะห์สตรี และสถานสงเคราะห์ตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการค้าประเวณี และงานตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการค้าประเวณี เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปตามที่กฎกระทรวงการแบ่งส่วนราชการที่กำหนด