กรมตำรวจนครบาลโตเกียวอยู่ในบังคับบัญชาของผู้กำกับใหญ่ และขึ้นตรงต่อคณะกรรมการความปลอดภัยสาธารณะโตเกียว (Tokyo Metropolitan Public Safety Commission)

กรมมีหน่วยงานในสังกัดดังนี้[1]

• กองธุรการ (Administration Bureau)
• กองบุคลากรและการฝึกหัด (Personnel and Training Bureau)
• กองจราจร (Traffic Bureau)
• กองกิจการตำรวจชุมชน (Community Police Affairs Bureau)
• กองความมั่นคงสาธารณะ (Public Security Bureau)
• กองสืบสวนคดีอาญา (Criminal Investigation Bureau)
• กองความปลอดภัยชุมชน (Community Safety Bureau)
• กองควบคุมองค์กรอาชญากรรม (Organized Crime Control Bureau)

กรมยังมีวิทยาลัยของตน คือ วิทยาลัยกรมตำรวจนครบาล (Metropolitan Police Department Academy)

สำนักงานเขตแต่ละแห่งบังคับบัญชาสถานีตำรวจหลายแห่ง และสถานีตำรวจแต่ละแห่งแบ่งออกเป็นหน่วยงานดังต่อไปนี้[1]

• ฝ่ายธุรการ (Administration Section)
• ฝ่ายจราจร (Traffic Section)
• ฝ่ายความมั่นคง (Security Section)
• ฝ่ายกิจการตำรวจชุมชน (Community Police Affairs Section)
• ฝ่ายสืบสวนคดีอาญา (Criminal Investigation Section)
• ฝ่ายความปลอดภัยชุมชน (Community Safety Section)
• ฝ่ายควบคุมองค์กรอาชญากรรม (Organized Crime Control Section)