กรมทหารพรานที่ 41 ได้รับการก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2529 ซึ่งแปรสภาพมาจากกรมอาสาสมัครทหารพรานที่ 4503 โดยมีภารกิจในช่วงแรกคือการปราบโจรจีนคอมมิวนิสต์มลายา (จคม.) และขบวนการโจรก่อการร้าย (ขจก.)[10][16]

เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2560 หน่วยเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 41 ได้มีการปรับแผนทางยุทธวิธีให้เป็นแบบเชิงรุก หลังจากได้รับข้อมูลข่าวแจ้งเตือนการก่อเหตุครั้งใหญ่ ในความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย[27]