วันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2561 พลตรี จตุพร กลัมพสุต ผู้บังคับหน่วยเฉพาะกิจปัตตานี ได้นำเจ้าหน้าที่ทหารพรานหน่วยเฉพาะกิจ กรมทหารพรานที่ 44 เข้าปิดล้อมตรวจค้นบุคคลตามหมายคดีความมั่นคง ที่อำเภอกะพ้อ จังหวัดปัตตานี และเกิดการยิงปะทะ เมื่อสิ้นเสียงปืน คนร้ายถูกวิสามัญ 1 ราย ซึ่งเป็นผู้ก่อเหตุรุนแรงระดับหัวหน้า[5]

วันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2563 หน่วยเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 44 ร่วมกับเจ้าหน้าที่ตำรวจตระเวนชายแดนที่ 44 (ตชด.44) เข้าติดตามบุคคลเป้าหมายยาเสพติดในพื้นที่รอยต่ออำเภอปะนาเระกับอำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี ซึ่งขณะเจ้าหน้าที่ตรวจค้น ได้เกิดเหตุคนร้ายใช้อาวุธปืนยิงใส่เพื่อเปิดทางหลบหนี แต่ทางเจ้าหน้าที่ได้เกลี้ยกล่อม และดำเนินการจับกุม เมื่อตรวจสอบ จึงพบว่าเป็นคนร้ายคดีความมั่นคง ที่เคยวางระเบิดสังหารทหารพราน และยิงประชาชนรวมถึงเจ้าหน้าที่อาสารักษาดินแดน จนเสียชีวิตและได้รับบาดเจ็บหลายราย ทางเจ้าหน้าที่จึงทำการยึดอาวุธปืน และส่งตัวเข้าหน่วยซักถาม ณ หน่วยเฉพาะกิจกรมทหารพรานที่ 43 เพื่อขยายผลต่อไป[26][27]