กรมทหารราบที่ 31 รักษาพระองค์ ในพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร มีหน่วยขึ้นตรงทั้งหมด 3 กองพันคือ

1. กองพันทหารราบที่ 1 กรมทหารราบที่ 31 รักษาพระองค์ ในพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร
2. กองพันทหารราบที่ 2 กรมทหารราบที่ 31 รักษาพระองค์ ในพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร
3. กองพันทหารราบที่ 3 กรมทหารราบที่ 31 รักษาพระองค์ ในพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร