ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ทรงให้ตรา "พระราชบัญญัติสำหรับกรมพระคลังมหาสมบัติแลว่าด้วยกรมต่างๆ" ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันอาทิตย์ เดือน 5 แรม 12 ค่ำ พ.ศ. 2418 ในการนี้ ได้แยกกรมท่าออกจากกรมพระคลัง และตั้งสำนักงานสำหรับงานการคลัง ณ หอรัษฎากรพิพัฒน์

เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม ร.ศ.109 (พ.ศ. 2433) ได้มีการตราพระราชบัญญัติพระธรรมนูญหน้าที่ราชการ กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ กำหนดให้กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ มีหน้าที่จ่ายรักษาเงินแผ่นดิน ทั้งสรรพราชสมบัติพัสดุทั้งปวง กับถือบัญชีพระราชทรัพย์ รับผิดชอบสำหรับแผ่นดินทั้งสิ้น และเก็บภาษีอากรเงินขึ้นแผ่นดิน โดยแบ่งงานออกเป็น 13 กรม เพื่อให้เป็นระบบระเบียบตามแบบสากล และแบ่งกรมตามภารกิจงานที่แตกต่างกันออกไป อย่างชัดเจน ประกอบด้วย "กรมเจ้ากระทรวง" 5 กรม ได้แก่ กรมพระคลังกลาง กรมสารบัญชี กรมตรวจ กรมเก็บ และกรมพระคลังข้างที่ "กรมขึ้น" 8 กรม แบ่งเป็น กรมเจ้าจำนวนเก็บภาษีอากร 5 กรม ได้แก่ กรมส่วย กรมสรรพากร กรมสรรพภาษี กรมที่ดิน และกรมศุลกากร และกรมทำการแผ่นดิน 3 กรม ได้แก่ กรมกระสาปนสิทธิการ กรมงานพิมพ์บัตร และกรมราชพัสดุ

"กรมสารบัญชี" หรือ กรมบัญชีกลางในปัจจุบัน จึงถือกำเนิด เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2433 มีหน้าที่ สำหรับรับจ่ายเงินแผ่นดินและถือสารบาญชีพระราชทรัพย์ทั้งหมด โดยมีอธิบดีรับผิดชอบการทั้งปวง มีรองอธิบดีสำหรับช่วยการแทน และมีนายเวร 4 นาย คือ เวรรับ เวรจ่าย เวรแบงก์ และเวรบาญชีโดยแต่ละนายเวร มีหน้าที่ดังต่อไปนี้1. เวรรับ สำหรับรับเงิน หรือราชสมบัติทั้งปวง และทำบาญชีรายรับ2. เวรจ่าย สำหรับจ่ายเงิน หรือราชสมบัติทั้งปวง และทำบาญชีรายจ่าย3. เวรแบงก์ สำหรับทำบาญชีเงินรับจ่ายในนานาประเทศ และเป็นธุรการแลกเปลี่ยน หรือฝากเงินแบงก์4. เวรบาญชี สำหรับรักษาบาญชีพระราชทรัพย์ บาญชีรายงบประมาณ บาญชีหนี้หลวง และใบเบิก ใบนำ ใบเสร็จ ทั้งเร่งหนี้หลวง

โดยได้โปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้พระยานรนารถภักดีศรีรัษฎากร (เอม ณ มหาชัย) เป็นอธิบดีกรมสารบาญชีคนแรก และได้โปรดเกล้าฯ ให้ พระวรวงศ์เธอพระองค์เจ้าพร้อมพงศ์อธิราช เป็นรองอธิบดี กับทรงแต่งตั้งให้มิสเตอร์ แอล.เอ็ม.เอ็ม.ครอส (Mr.L.M.M.Cross) เป็นผู้ช่วยอธิบดีที่ปรึกษากับการบัญชีทั้งปวงต่อมา เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2433 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติกรมสารบาญชีขึ้น โดยแบ่งเป็น 3 กอง ประกอบด้วย กองบาญชีกลาง กองรับ และกองจ่าย กับหน้าที่ 4 นายเวร คือ เวรรับ เวรจ่าย เวรเกณฑ์ (เวรแบงก์เดิม) และเวรบาญชี เพื่อกำหนดหน้าที่ภายในกรมให้เป็นสัดส่วน ชัดเจน และเหมาะสมขึ้น

ครั้นถึงในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ ให้ตั้งกรมตรวจเงินแผ่นดินขึ้นในกระทรวงพระคลังมหาสมบัติ เมื่อ พ.ศ. 2458 โดยให้รวม "กรมตรวจ" และ "กรมสารบาญชี" เข้าด้วยกัน และเปลี่ยนชื่อเป็น "กรมบาญชีกลาง" เมื่อวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2458 ในคราวนี้ทำให้กรมบาญชีกลางมีภารกิจหนักขึ้น โดยเป็นทั้งผู้รวบรวมประมวลบัญชีเงินรายได้และรายจ่ายของแผ่นดิน วางรูป และแนะนำการบัญชีแก่เจ้าหน้าที่ที่ทำการเบิกจ่าย เก็บเงินผลประโยชน์ รักษาเงินแผ่นดิน สอบสวนการเบิกจ่ายในราชการแผ่นดิน รวมถึงการสอบสวน และตักเตือนเจ้าหน้าที่ต่างๆ ที่ทำการเก็บเงินผลประโยชน์รายได้ของแผ่นดินนำส่งพระคลัง

และเมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2476 ตามพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบกรมในกระทรวงพระคลังได้เปลี่ยนชื่อ กรมบาญชีกลาง เป็น "กรมบัญชีกลาง" เพื่อสะท้อนภาระงานให้ชัดเจน [4]