กรมวิทยาศาสตร์ทหารเรือ ถือกำเนิด ณ วันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2471 ในฐานะ "หอวิทยาศาสตร์" ซึ่งเป็นหน่วยงานหนึ่งของกรมเสนาธิการทหารเรือ โดยมีภารกิจด้านการวิเคราะห์เคมี, การทดสอบฟิสิกส์ และการทดลองไฟฟ้า ต่อมา ขอบเขตและภารกิจด้านวิทยาศาสตร์ของกองทัพเรือมีมากขึ้น จึงเปลี่ยนฐานะจาก "หอวิทยาศาสตร์" มาเป็น "กองวิทยาศาสตร์ทหารเรือ" และ "กรมวิทยาศาสตร์ทหารเรือ" ตามลำดับ[24]

พ.ศ. 2561 กรมวิทยาศาสตร์ทหารเรือได้จัดงานวิทยาศาสตร์วิชาการ ครั้งที่ 1 เพื่อเผยแพร่ผลงานสาขาวิทยาศาสตร์ของกองทัพเรือสู่สาธารณชน โดยมีกรมวิทยาศาสตร์ทหารบกเข้าร่วม เพื่อนำเสนอแนวคิดในการปฏิบัติงานร่วมกัน[47]