กิจการศุลกากรในประเทศไทย เริ่มมีมาตั้งแต่สมัยสุโขทัย โดยเรียกว่า "จกอบ" ต่อมาในสมัยอยุธยา ได้มีหน่วยงานที่ทำหน้าที่ด้านการตรวจเก็บภาษีขาเข้าเรียกว่า "พระคลังสินค้า"

ในยุครัตนโกสินทร์ ได้มีระบบการประมูลผูกขาดการเรียกเก็บภาษีอากร เรียกว่า "ระบบเจ้าภาษีนายอากร" ต่อมาในรัชสมัยรัชกาลที่ 4 มีการติดต่อค้าขายมากขึ้น มีการทำสนธิสัญญาเบาว์ริง เปลี่ยนแปลงการเก็บค่าธรรมเนียมปากเรือมาเป็น "ภาษีร้อยชักสาม" โดยมีโรงเก็บภาษีเรียกว่า "ศุลกสถาน" ต่อมาในปี พ.ศ. 2417 ได้มีการจัดตั้งหอรัษฎากรพิพัฒน์ เป็นสำนักงานกลางในการรวบรวมรายได้ของแผ่นดิน และได้มีพัฒนาการเรื่อยมาจนเป็นกรมศุลกากร ที่มีบทบาทหน้าที่เน้นการจัดเก็บภาษีอากรจากของที่นำเข้ามาในและส่งออกนอกประเทศ