การจัดเก็บภาษีสรรพสามิตในประเทศไทย สันนิษฐานว่ามีการจัดเก็บตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัยเป็นราชธานีแต่ไม่มีหลักฐาน แต่พบหลักฐานปรากฏว่าในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้น สมัยพระเจ้าปราสาททอง ราว พ.ศ. 2178 มีกฎหมายลักษณะพระธรรมนูญกำหนดว่าได้เก็บอากรจากสุรา โดยมิได้กำหนดอัตราและวิธีการจัดเก็บอย่างไร แต่ปรากฏหลักฐานชัดเจนในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช

ภาษีสรรพสามิตของไทย มีต้นกำเนิดมาจาก ฝิ่น และสุรา ซึ่งมีหน่วยงานที่รับผิดชอบการจัดเก็บภาษีดังกล่าวแยกจากกัน คือ กรมฝิ่น และกรมสุรา

ใน พ.ศ. 2474 กรมสุราได้รับมอบหมายให้เป็นผู้ควบคุมและจัดเก็บภาษีไม้ขีดไฟที่ทำขึ้นในราชอาณาจักรอีกอย่างหนึ่งด้วย จึงมีการเปลี่ยนชื่อกรมจากเดิมเป็น "กรมสรรพสามิตต์" เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2474 และได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งหม่อมเจ้าจิตรโภคทวี เกษมศรี ดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมสรรพสามิตต์ เป็นคนแรก

ในปี พ.ศ. 2476 ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบกรมในกระทรวงการคลัง ให้แยกงานสรรพสามิตต์และงานฝิ่นออกจากกรมสรรพากร แล้วรวมกันเป็น “กรมสรรพสามิตต์และฝิ่น” และในปีเดียวกันนั้นได้มีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2476 ให้แก้นาม “กรมสรรพสามิตต์และฝิ่น” เป็น “กรมสรรพสามิต"