กรมสรรพาวุธทหารเรือเริ่มวางรากฐานกิจกรรมตั้งแต่ปี พ.ศ. 2443 โดยได้กำหนดตำแหน่งศักดินาในกรมทหารเรือในนาม “กรมคลังอาวุธภัณฑ์” และเชื่อกันตามหลักฐานบางส่วนว่ามีร้อยเอกแอนเดอร์ซัน (H.F.A Anderson) เป็นเจ้ากรมคนแรก[1]

ต่อมา กรมทหารเรือได้ดัดแปลงก่อสร้างบริเวณตึกหลวงแถวบางนาเป็นคลังสรรพาวุธ พร้อมกับให้ย้ายกองสรรพาวุธมาที่โรงสรรพาวุธ บางนา ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2451 จึงได้มีการถือวันดังกล่าว เป็นวันคล้ายวันสถาปนาจนถึงปัจจุบัน[1]

ที่จังหวัดชลบุรี เจ้าหน้าที่สรรพาวุธทหารเรือได้เก็บกู้กระสุนส่องสว่างจากปืนใหญ่ของเรือรบ ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2556,[14] เก็บกู้ลูกกระสุนปืนใหญ่สำหรับปืนต่อสู้อากาศยาน ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2557,[15] เก็บกู้ระเบิดลูกปืน ค.60 ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2558[16] และเก็บกู้ระเบิดเสียง ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2559[17]

ในปี พ.ศ. 2561 ทางกองทัพเรือไทยได้เปิดตัวโครงการวิจัยเรือดำน้ำขนาดเล็ก สำหรับส่งหน่วยปฏิบัติการพิเศษ และหาข่าว ซึ่งมีหลายหน่วยงานดำเนินภารกิจร่วมกัน ทั้งกรมสรรพาวุธทหารเรือ, กองเรือดำน้ำ กองเรือยุทธการ และกองการฝึก กองเรือยุทธการ[18]