กรมสอบสวนคดีพิเศษก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2545 ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า Department of Special Investigation มีชื่อย่อว่า DSI ภายหลังรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 มีคำสั่งย้าย นายธาริต เพ็งดิษฐ์ เป็นที่ปรึกษาประจำสำนักนายกรัฐมนตรี และมีคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 19/2558 ให้ พ.ต.อ.นิรันดร์ อดุลยาศักดิ์ หยุดปฏิบัติหน้าที่และไปประจำสำนักงานปลัดกระทรวง[3]และมีคำสั่งหัวหนห้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 5/2560 ในวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 ให้อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษมีอำนาจพิเศษในฐานะเจ้าพนักงานตามคำสั่งหัวหนห้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 5/2560 ในการเข้าควบคุมพื้นที่ วัดธรรมกาย