กรมสารวัตรทหารเรือ ถือกำเนิดจากคำสั่งของพลเรือโท เจ้าฟ้าบริพัตรสุขุมพันธุ์ ซึ่งดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการกรมทหารเรือในขณะนั้น ในการจัดตั้ง "กองระงับเหตุ" เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม พ.ศ. 2448 แล้วปฏิบัติหน้าที่เรื่อยมาจนถึงปี พ.ศ. 2456 จึงได้มีการจัดตั้งหน่วยงานระงับเหตุขึ้นถาวรในนาม "แผนกสารวัตรทหาร" ที่ขึ้นตรงต่อกระทรวงทหารเรือ ซึ่งถือว่า กองทัพเรือไทยเป็นหน่วยแรกที่เป็นต้นแบบของการจัดตั้งสารวัตรทหาร[10]

และในปี พ.ศ. 2561 กองพันสารวัตรทหารเรือที่ 3 กรมสารวัตรทหารเรือ ได้เป็นหนึ่งในหน่วยที่ยกพลขึ้นบก ณ ตำบลโคกเคียน อำเภอเมืองนราธิวาส จังหวัดนราธิวาส ด้วยเรือหลวงอ่างทอง และเรือหลวงมันกลาง เพื่อเข้าร่วมการปฏิบัติภารกิจความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย[16]