กรมหม่อนไหม แบ่งการบริหารออกเป็นหน่วยงานในส่วนกลาง 4 สำนัก 2 กลุ่ม หน่วยงานที่ตั้งอยู่ในส่วนภูมิภาคประกอบด้วยสำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ 5 สำนัก และ ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ 21 ศูนย์ ทั่วประเทศ ได้แก่[2]

• สำนักบริหารกลาง
• สำนักวิจัยและพัฒนาหม่อนไหม
• สำนักอนุรักษ์และตรวจสอบมาตรฐานหม่อนไหม
• สำนักพัฒนาและถ่ายทอดเทคโนโลยีหม่อนไหม
• กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
• กลุ่มตรวจสอบภายใน
• สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เขต 1 ถึง 5 ได้แก่
  • สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เขต 1 จังหวัดแพร่ มีศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เครือข่าย 4 ศูนย์ ได้แก่
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เชียงใหม่
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ ตาก
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ น่าน
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ แพร่
  • สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เขต 2 จังหวัดอุดรธานี มีศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เครือข่าย 4 ศูนย์ ได้แก่
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เลย
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ สกลนคร
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ หนองคาย
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ อุดรธานี
  • สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เขต 3 จังหวัดขอนแก่น มีศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เครือข่าย 4 ศูนย์ ได้แก่
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ ขอนแก่น
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ ชัยภูมิ
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ มุกดาหาร
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ ร้อยเอ็ด
  • สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เขต 4 จังหวัดนครราชสีมา มีศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เครือข่าย 6 ศูนย์ ได้แก่
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ นครราชสีมา
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ บุรีรัมย์
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ ศรีสะเกษ
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ สระบุรี
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ สุรินทร์
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ อุบลราชธานี
  • สำนักงานหม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เขต 5 จังหวัดชุมพร มีศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ เครือข่าย 3 ศูนย์ ได้แก่
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ กาญจนบุรี
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ ชุมพร
    • ศูนย์หม่อนไหมเฉลิมพระเกียรติฯ นราธิวาส