กรมแพทย์ทหารเรือได้รับการสถาปนาเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2433 ตามพระราชบัญญัติจัดการกรมยุทธนาธิการ โดยมีชื่อหน่วยคือ "โรงพยาบาลทหารเรือ" ครั้นวันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2459 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ยกฐานะหน่วยเป็น "กรมแพทย์พยาบาลทหารเรือ" ซึ่งฐานะและนามของหน่วยได้รับการปรับปรุงให้เหมาะสมตามยุคสมัย กระทั่งปี พ.ศ. 2493 ได้รับการยกฐานะเป็น "กรมแพทย์ทหารเรือ" สังกัดกองทัพเรือ เรื่อยมาถึงปัจจุบัน[1]

พ.ศ. 2561 พลเรือเอก ลือชัย รุดดิษฐ์ เมื่อครั้งดำรงตำแหน่งรองผู้บัญชาการทหารเรือ ได้ทำหน้าที่เป็นประธานทอดผ้าป่ามหากุศล เพื่อจัดซื้อเครื่องมือแพทย์แก่โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้า กรมแพทย์ทหารเรือ[19]

ปี พ.ศ. 2562 พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานเงิน 2,407,144,487.59 บาท ช่วยโรงพบาบาล 27 แห่ง ซึ่งรวมถึงโรงพยาบาลในสังกัดกรมแพทย์ทหารเรือ เพื่อจัดซื้อเครื่องมือและอุปกรณ์ทางการแพทย์[20]