กระชายดำแตกต่างจากกระชายทั่วไป (ที่ใช้เป็นเครื่องแกง) คือ กระชายทั่วไปใช้ส่วนที่เป็นราก (tuber) ซึ่งงอกออกมาจากเหง้า (ลำต้นที่อยู่ใต้ดิน) มีกาบใบและใบซ้อนโผล่ขึ้นอยู่เหนือดิน ส่วนกระชายดำมีลำต้นอยู่ใต้ดิน (rhizome) หรือที่เรียกกันทั่วไปว่าหัว ลักษณะคล้ายขิง หรือขมิ้นแต่มีขนาดเล็กกว่า ใบใหญ่และมีสีเขียวเข้มกว่ากระชายทั่วไป ขนาดใบกว้างประมาณ 7 - 15 ซม. ยาว 30 - 35 ซม. ใบมีกลิ่นหอม ประกอบด้วยกาบใบมีสีแดงจาง ๆ และหนาอวบ กำเนิดมาจากหัวที่อยู่ใต้ดิน ลำต้นมีความสูงประมาณ 30 ซม.

ดอกออกจากยอด ช่อละหนึ่งดอก มีใบเลี้ยง ดอกมีสีชมพูอ่อน ๆ ริมปากดอกสีขาว เส้าเกสรสีม่วง เกสรสีเหลือง กลีบรองกลีบดอกเชื่อมติดกันมีลักษณะเป็นรูปท่อ มีขน โคนเชื่อมติดกันเป็นช่อยาว เกสรตัวผู้จะเหมือนกับกลีบดอก อับเรณูอยู่ใกล้ปลายท่อ เกสรตัวเมียมีขนาดยาวเล็ก ยอดของมันเป็นรูปปากแตรเกลี้ยงไม่มีขน หัวมีสีเข้ม แตกต่างกัน ตั้งแต่สีม่วงจาง ม่วงเข้ม และดำสนิท (ยังไม่ทราบแน่ชัดว่า ความแตกต่างของสีขึ้นอยู่กับสิ่งแวดล้อม อายุ หรือพันธุกรรม) สีของหัวเมื่อนำไปดองสุราจะถูกฟอกออกมา[6]

พันธุ์ในปัจจุบันยังไม่มีการรวบรวมและจำแนกพันธุ์อย่างเป็นทางการ แต่หากจำแนกตามลักษณะของสีของเนื้อหัว พอจะแยกได้ 3 สายพันธุ์ คือสายพันธุ์ที่มีเนื้อหัวสีดำ สีม่วงเข้ม สีม่วงอ่อนหรือสีน้ำตาล[7]ส่วนใหญ่แล้ว จะพบกระชายที่มีสีม่วงเข้มและสีม่วงอ่อน ส่วนกระชายที่มีสีดำสนิทจะมีลักษณะหัวค่อนข้างเล็ก ชาวเขาเรียกว่า กระชายลิง ซึ่งมีไม่มากนักจัดว่าเป็นกระชายที่มีคุณภาพเป็นที่ต้องการของตลาด

กระชายดำแบบหัวสด ใช้เหง้า (หัวสด) ประมาณ 4 - 5 ขีด ต่อสุราขาว 1 ขวด ดองสุราขาวดื่มก่อนรับประทานอาหารอาหารเย็นปริมาณ 30 ซีซี. หรือฝานเป็นแว่นบาง ๆ แช่น้ำดื่ม หรือจะดองกับน้ำผึ้ง ในอัตราส่วน 1: 1กระชายดำแบบหัวแห้ง หัวแห้งดองกับน้ำผึ้งแท้ในอัตราส่วน 1:1 นาน 7 วัน แล้วนำมาดื่มก่อนนอน กระชายดำแบบชาชง ผงแห้งกระชายดำ 1 ซอง ชงน้ำร้อน 1 แก้ว (ประมาณ 120 ซีซี.) แต่งรสด้วยน้ำตาล หรือน้ำผึ้งตามต้องการ[8]