ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2554 กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสารมีส่วนราชการดังต่อไปนี้:[2]

สำนักงาน

• สำนักงานเลขาธิการรัฐมนตรี (ญี่ปุ่น: 大臣官房; โรมาจิ: Daijin Kanbō)
• สำนักงานข้าราชการและเบี้ยบำนาญ (ญี่ปุ่น: 人事恩給局; โรมาจิ: Jinji Onkyū Kyoku)
• สำนักงานการบริหารจัดการ (ญี่ปุ่น: 行政管理局; โรมาจิ: Gyōsei Kanri Kyoku)
• สำนักงานการประเมินผลการบริหาร (ญี่ปุ่น: 行政評価局; โรมาจิ: Gyōsei Hyōka Kyoku)
• สำนักงานการบริหารงานท้องถิ่น (ญี่ปุ่น: 治行政局; โรมาจิ: Jigyōsei Kyoku)
• สำนักงานการคลังสาธารณะท้องถิ่น (ญี่ปุ่น: 自治財政局; โรมาจิ: Jichi Zensei Kyoku)
• สำนักงานภาษีท้องถิ่น (ญี่ปุ่น: 自治税務局; โรมาจิ: Jichi Zeimu Kyoku)
• สำนักงานยุทธศาสตร์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารระหว่างประเทศ (ญี่ปุ่น: 国際戦略局; โรมาจิ: Kokusai Senryoku Kyoku)
• สำนักงานข้อมูลและการสื่อสาร (ญี่ปุ่น: 報流通行政局; โรมาจิ: Hōryū'tsū Gyousei Kyoku)
• สำนักงานโทรคมนาคม (ญี่ปุ่น: 総合通信基盤局; โรมาจิ: Songō Tsūshin Kiban Kyoku)
• สำนักงานสถิติ (ญี่ปุ่น: 統計局; โรมาจิ: Tōkei Kyoku)

สถาบันและวิทยาลัย

• วิทยาลัยการอัตตาณัติท้องถิ่น (ญี่ปุ่น: 自治大学校; โรมาจิ: Jichi Daigakkō)
• สถาบันการนโยบายข้อมูลและการสื่อสาร (ญี่ปุ่น: 情報通信政策研究所; โรมาจิ: Jyōhō Tsūshin Seisaku Kenkyūjo)
• สถาบันการวิจัยและอบรมสถิติ (ญี่ปุ่น: 統計研修所; โรมาจิ: Tōkei Kenshūjo)
• วิทยาลัยการดับเพลิง (ญี่ปุ่น: 消防大学校; โรมาจิ: Shōhō Daigakkō)

องค์กรพิเศษ

• สภาการจัดการเลือกตั้งกลาง (ญี่ปุ่น: 中央選挙管理会; โรมาจิ: Chūō Senkyo Kanri Kai)
• คณะกรรมาธิการการจัดการเงินทุนการเมืองแห่งชาติ (ญี่ปุ่น: 政治資金適正化委員会; โรมาจิ: Seiji Shikin Tekisei Kaiin Kai)
• คณะกรรมการการจัดการข้อถกเถียงท้องถิ่น (ญี่ปุ่น: 自治紛争処理委員会; โรมาจิ: Jichi Funsō Shori Iin Kai)

หน่วยงานนอก

• คณะกรรมการการประสานงานข้อถกเถียงทางสิ่งแวดล้อม (ญี่ปุ่น: 公害等調整委員会; โรมาจิ: Kōgai Tōchōsei Iin Kai)
• กรมการจัดการเพลิงไหม้และภัยพิบัติ (ญี่ปุ่น: 消防庁; โรมาจิ: Shōhō Chō)