เดิมที่ทำการของกระทรวง เมื่อครั้งยังใช้ชื่อ กระทรวงโยธาธิการนั้น แต่แรกเริ่มนั้น ต้องใช้ที่ทำการของกรมไปรษณีย์ (ไปรษณียาคาร) ไปพลางก่อน ซึ่งแต่เดิมเป็นบ้านของ พระปรีชากลการ (สำอาง อมาตยกุล) ต่อมา เมื่อได้สร้างที่ว่าการกระทรวงขึ้น ที่บริเวณวังเดิมของ พระเจ้าราชวรวงศ์เธอ กรมหมื่นเจริญผลภูลสวัสดิ์ จึงได้ย้ายไป ใช้เป็นที่ทำการจนเป็นกระทรวงคมนาคม ต่อมา เมื่อมีการยุบเลิกกระทรวงคมนาคม ก็ได้ใช้ที่ทำการของ กระทรวงพาณิชย์ เป็นที่ทำการ[3]

ต่อมาเมื่อได้มีการตั้ง กระทรวงคมนาคม ขึ้นใหม่ เมื่อปี 2484 จึงต้องอาศัยของ อาคารที่ว่าการกรมไปรษณีย์โทรเลข (ไปรษณีย์กลาง บางรัก) ในชั้น 2 ทิศเหนือเป็น ที่ทำการกระทรวงไปก่อน และได้ย้ายไปอยู่ที่บริเวณ ท่าช้างวังหน้า ต่อมาจึงได้ย้ายไปที่บริเวณ ถนนราชดำเนินนอก ซี่งเป็นที่ตั้งของกระทรวงมาจนถึงบัดนี้ โดยได้เปิดใช้งานเมื่อวันที่ 3 เมษายน 2497[3]